Seeing tobacco mosaic virus through direct electron detectors.
Seeing tobacco mosaic virus through direct electron detectors.
复制标题
DOI：
10.1016/j.jsb.2014.12.002
复制
发表时间：
2015-02
影响因子：
3
通讯作者：
Sachse, Carsten
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fromm, Simon A.;Bharat, Tanmay A. M.;Jakobi, Arjen J.;Hagen, Wim J. H.;Sachse, Carsten
关键词：
随着直接电子探测器（DED）引入电子冷冻显微镜领域，一波原子分辨率结构得以呈现。由于新探测器仍需进行比较性的特性描述，我们使用烟草花叶病毒（TMV）作为测试样本，研究从两款直接电子探测器相机（K2 Summit和Falcon II）所记录的数据进行三维图像重建的质量。利用直接电子探测器的电影帧，我们探究了相关图像处理方面的问题，并比较了基于显微照片和基于片段的运动校正方法的性能。此外，我们研究了剂量沉积对烟草花叶病毒原子分辨率结构的影响，并表明辐射损伤首先以一种侧链特异性的方式影响带负电的羧基链。最后，利用45万个不对称单元并限制辐射损伤的影响，我们确定了一个分辨率为3.35 Å的高分辨率冷冻电镜图谱。在此，我们提供了一个针对在不同直接电子探测器上记录的高度有序的烟草花叶病毒的比较案例研究，以确立记录和处理条件，从而能够利用冷冻电镜实现分辨率高达3.2 Å的结构测定。
With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require comparative characterization, we have used tobacco mosaic virus (TMV) as a test specimen to study the quality of 3D image reconstructions from data recorded on the two direct electron detector cameras, K2 Summit and Falcon II. Using DED movie frames, we explored related image-processing aspects and compared the performance of micrograph-based and segment-based motion correction approaches. In addition, we investigated the effect of dose deposition on the atomic-resolution structure of TMV and show that radiation damage affects negative carboxyl chains first in a side-chain specific manner. Finally, using 450,000 asymmetric units and limiting the effects of radiation damage, we determined a high-resolution cryo-EM map at 3.35 Å resolution. Here, we provide a comparative case study of highly ordered TMV recorded on different direct electron detectors to establish recording and processing conditions that enable structure determination up to 3.2 Å in resolution using cryo-EM.
登录
查看更多内容
影响因子：
48
作者：
Kucukelbir, Alp;Sigworth, Fred J.;Tagare, Hemant D.
通讯作者：
Tagare, Hemant D.
DOI：
10.1126/science.1240585
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Fernández IS;Bai XC;Hussain T;Kelley AC;Lorsch JR;Ramakrishnan V;Scheres SHW
通讯作者：
Scheres SHW
电子计数和束诱导运动校正可实现近原子分辨率的单粒子冷冻电镜。
影响因子：
48
作者：
Li, Xueming;Mooney, Paul;Zheng, Shawn;Booth, Christopher R.;Braunfeld, Michael B.;Gubbens, Sander;Agard, David A.;Cheng, Yifan
通讯作者：
Cheng, Yifan
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
2.5
作者：
Karuppasamy, Manikandan;Nejadasl, Fatemeh Karimi;Ravelli, Raimond B. G.
通讯作者：
Ravelli, Raimond B. G.