Thermodynamics and kinetics of RNA tertiary structure formation in the junctionless hairpin ribozyme.
Thermodynamics and kinetics of RNA tertiary structure formation in the junctionless hairpin ribozyme.
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无连接发夹核酶中RNA三级结构形成的热力学和动力学。
DOI：
10.1016/j.bpc.2017.07.001
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发表时间：
2017-09
影响因子：
3.8
通讯作者：
Hoogstraten CG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
White NA;Hoogstraten CG
发夹状核酶由两个相互作用形成催化活性结构的RNA内环组成。这种对接过渡是RNA三级结构分子间形成而不与螺旋退火偶联的罕见例子。我们已经使用温度依赖性表面等离子体共振（SPR）来表征RNA三级结构形成的热力学和动力学的无连接形式的核酶，其中环A和B驻留在单独的分子。我们发现对接是强烈的duppy驱动，并伴随着大量的激活障碍协会和解离，符合复杂的形成后，两个内部循环的结构重组。与在自切割位点携带2′-O-甲基修饰的核酶变体的平行分析以及与其他系统中已发表的数据的比较揭示了令人惊讶的热力学特征的多样性，强调了对RNA三级结构形成的自由能的贡献的微妙平衡。
The hairpin ribozyme consists of two RNA internal loops that interact to form the catalytically active structure. This docking transition is a rare example of intermolecular formation of RNA tertiary structure without coupling to helix annealing. We have used temperature-dependent surface plasmon resonance (SPR) to characterize the thermodynamics and kinetics of RNA tertiary structure formation for the junctionless form of the ribozyme, in which loops A and B reside on separate molecules. We find docking to be strongly enthalpy-driven and to be accompanied by substantial activation barriers for association and dissociation, consistent with the structural reorganization of both internal loops upon complex formation. Comparisons with the parallel analysis of a ribozyme variant carrying a 2′-O-methyl modification at the self-cleavage site and with published data in other systems reveal a surprising diversity of thermodynamic signatures, emphasizing the delicate balance of contributions to the free energy of formation of RNA tertiary structure.
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影响因子：
2.9
作者：
Doherty, EA;Herschlag, D;Doudna, JA
通讯作者：
Doudna, JA
DOI：
10.1107/s0907444902019066
发表时间：
2003-01-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Grum-Tokars, V;Milovanovic, M;Wedekind, JE
通讯作者：
Wedekind, JE
DOI：
10.1038/nsb0797-553
发表时间：
1997-07-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Cate, JH;Hanna, RL;Doudna, JA
通讯作者：
Doudna, JA
影响因子：
4.5
作者：
Ditzler, Mark A.;Sponer, Jiri;Walter, Nils G.
通讯作者：
Walter, Nils G.
影响因子：
18.3
作者：
Ditzler, Mark A.;Otyepka, Michal;Sponer, Jiri;Walter, Nils G.
通讯作者：
Walter, Nils G.