Ppmar1 and Ppmar2: the first two complete and intact full-length mariner-like elements isolated in Phyllostachys edulis
Ppmar1 and Ppmar2: the first two complete and intact full-length mariner-like elements isolated in Phyllostachys edulis
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Ppmar1 和 Ppmar2：从毛竹中分离出的前两个完整且完整的全长水手状元件
DOI：
10.1080/12538078.2014.999117
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发表时间：
2015-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Ding-Qin Tang
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ming-Bing Zhou;Hao Zhong;Jiao-Li Hu;Ding-Qin Tang
摘要本文报道了利用改良的磁富集技术，通过染色体步移从毛竹中分离到两个全长mariner-like元件。Ppmar 1全长3472 bp，具有28 bp的完全反向末端重复序列（ITR）和1986 bp的编码转座酶的开放阅读框（ORF）; Ppmar 2全长2679 bp，具有27 bp的完全反向末端重复序列和1877 bp的编码转座酶的开放阅读框。Ppmar 1和Ppmar 2具有典型的植物MLE的ITR共有序列（5′-CTC CCT CCR T-3′，其中R是A或G）和典型的TA/AT靶位点重复。系统发育分析表明，Ppmar 1属于植物MLE亚科的进化枝A2，Ppmar 2属于植物MLE亚科的进化枝C。编码的两种转座酶含有完整的DNA结合基序和DD 39 D催化结构域，并且许多先前显示对转座酶活性至关重要的残基在Ppmar 1和Ppmar 2中是保守的。所有上述结果意味着这两个转座子可能是天然活性的。两个全长mariner-like元件的克隆为进一步研究毛竹MLE的转座活性奠定了基础。
Abstract We report the isolation of two full-length mariner-like elements (MLEs) from a bamboo species (Phyllostachys edulis) by chromosome walking using a modified magnetic enrichment procedure. Ppmar1 is 3472 base pairs (bp) in length with 28-bp perfect inverted terminal repeats (ITRs) and a 1986-bp open reading frame (ORF) encoding transposase, whereas Ppmar2 is 2679 bp in length with the 27-bp perfect ITRs and the 1877-bp ORF encoding transposase. Ppmar1 and Ppmar2 share the typical ITR consensus sequences of plant MLEs (5′-CTC CCT CCR T-3′, where R is A or G) and the typical TA/AT target site duplications. Phylogenetic analysis demonstrated that Ppmar1 belongs to clade A2 and Ppmar2 to clade C of plant MLE subfamilies. The two transposases encoded contain intact DNA-binding motifs and a DD39D catalytic domain and many residues previously shown to be critical for transposase activity are conserved in Ppmar1 and Ppmar2. All the above results imply that both transposons are likely to be naturally active. Cloning of two full-length mariner-like elements would provide a foundation for the investigation of transpositional activity of moso bamboo MLE.
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影响因子：
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通讯作者：
C. Feschotte;L. Swamy;S. Wessler
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M. Medhora;K. Maruyama;D. Hartl
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DOI：
10.1093/database/bau006
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Database : the journal of biological databases and curation
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--
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