The genomic basis of cichlid fish adaptation within the deepwater "twilight zone" of Lake Malawi.
The genomic basis of cichlid fish adaptation within the deepwater "twilight zone" of Lake Malawi.
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DOI：
10.1002/evl3.20
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发表时间：
2017-09
影响因子：
5
通讯作者：
Joyce DA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hahn C;Genner MJ;Turner GF;Joyce DA
深水环境的特点是低水平的可用光在窄光谱，大静水压力，和低水平的溶解氧的条件预测施加高度特定的选择压力。在马拉维湖，超过800种慈鲷鱼已经进化，这种适应性辐射延伸到50米以下的“黄昏区”。我们使用种群水平的RAD‐seq数据来调查四种特有的深水物种（Diplotaxodon spp.）在这个环境中经历了不同的选择。我们确定的候选基因，包括调节光感受器功能，色素，透镜形态，血红蛋白，许多以前没有牵连在慈鲷自适应辐射。功能连锁基因的共定位表明共同适应的“超基因”复合体。使用基因组重测序数据的Diplotaxodon更广泛的马拉维湖辐射的比较显示候选基因的功能替代和积极选择的签名。我们的数据为深水栖息地的基因组适应提供了独特的见解，并表明深海生命的基因组水平特化是慈鲷辐射的一个重要过程。
Deepwater environments are characterized by low levels of available light at narrow spectra, great hydrostatic pressure, and low levels of dissolved oxygen—conditions predicted to exert highly specific selection pressures. In Lake Malawi over 800 cichlid species have evolved, and this adaptive radiation extends into the “twilight zone” below 50 m. We use population‐level RAD‐seq data to investigate whether four endemic deepwater species (Diplotaxodon spp.) have experienced divergent selection within this environment. We identify candidate genes including regulators of photoreceptor function, photopigments, lens morphology, and haemoglobin, many not previously implicated in cichlid adaptive radiations. Colocalization of functionally linked genes suggests coadapted “supergene” complexes. Comparisons of Diplotaxodon to the broader Lake Malawi radiation using genome resequencing data revealed functional substitutions and signatures of positive selection in candidate genes. Our data provide unique insights into genomic adaptation within deepwater habitats, and suggest genome‐level specialization for life at depth as an important process in cichlid radiation.
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影响因子：
9.8
作者：
Brown TM;Gias C;Hatori M;Keding SR;Semo M;Coffey PJ;Gigg J;Piggins HD;Panda S;Lucas RJ
通讯作者：
Lucas RJ
影响因子：
3.7
作者：
Baird NA;Etter PD;Atwood TS;Currey MC;Shiver AL;Lewis ZA;Selker EU;Cresko WA;Johnson EA
通讯作者：
Johnson EA
DOI：
10.1083/jcb.201405098
发表时间：
2014-12-08
期刊：
The Journal of cell biology
影响因子：
--
作者：
Bhattaram P;Penzo-Méndez A;Kato K;Bandyopadhyay K;Gadi A;Taketo MM;Lefebvre V
通讯作者：
Lefebvre V
影响因子：
3.3
作者：
Coop, Graham;Witonsky, David;Pritchard, Jonathan K.
通讯作者：
Pritchard, Jonathan K.
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y