RNAmotifs: prediction of multivalent RNA motifs that control alternative splicing.
RNAmotifs: prediction of multivalent RNA motifs that control alternative splicing.
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DOI：
10.1186/gb-2014-15-1-r20
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发表时间：
2014-01-31
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Ule J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cereda M;Pozzoli U;Rot G;Juvan P;Schweitzer A;Clark T;Ule J
RNA结合蛋白(RNAbindingProteins，RBPs)根据位置依赖原理调控剪接，可用于分析调控基序。在这里，我们提出了RNAMotif，一种评估差异调节的备选外显子周围的序列以识别短序列和简并序列的簇的方法，称为多价RNA基序。我们发现，不同的限制性商业惯例具有共同的基本定位原则，但在增强或抑制外显子包含的倾向上有所不同。我们评估了大脑和心脏之间差异剪接的外显子，识别了已知和新的调控基序，并预测了结合这些基序的限制性商业惯例的表达模式。RNAMotif可在https://bitbucket.org/rogrro/rna_motifs.上获得
RNA-binding proteins (RBPs) regulate splicing according to position-dependent principles, which can be exploited for analysis of regulatory motifs. Here we present RNAmotifs, a method that evaluates the sequence around differentially regulated alternative exons to identify clusters of short and degenerate sequences, referred to as multivalent RNA motifs. We show that diverse RBPs share basic positional principles, but differ in their propensity to enhance or repress exon inclusion. We assess exons differentially spliced between brain and heart, identifying known and new regulatory motifs, and predict the expression pattern of RBPs that bind these motifs. RNAmotifs is available at https://bitbucket.org/rogrro/rna_motifs.
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影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.1176009
发表时间：
2009-11-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hynes RO
通讯作者：
Hynes RO
影响因子：
16.2
作者：
Ince-Dunn G;Okano HJ;Jensen KB;Park WY;Zhong R;Ule J;Mele A;Fak JJ;Yang C;Zhang C;Yoo J;Herre M;Okano H;Noebels JL;Darnell RB
通讯作者：
Darnell RB
影响因子：
13.8
作者：
Liu, Fen;Walters, Kylie J.
通讯作者：
Walters, Kylie J.
影响因子：
25
作者：
Polymenidou, Magdalini;Lagier-Tourenne, Clotilde;Hutt, Kasey R.;Huelga, Stephanie C.;Moran, Jacqueline;Liang, Tiffany Y.;Ling, Shuo-Chien;Sun, Eveline;Wancewicz, Edward;Mazur, Curt;Kordasiewicz, Holly;Sedaghat, Yalda;Donohue, John Paul;Shiue, Lily;Bennett, C. Frank;Yeo, Gene W.;Cleveland, Don W.
通讯作者：
Cleveland, Don W.