iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.
iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.
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DOI：
10.1038/nsmb.1838
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发表时间：
2010-07
影响因子：
16.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
在真核细胞的细胞核中，新生转录物与由hnRNP C成核的异质核核糖核蛋白（hnRNP）颗粒相关。然而，尽管它们丰富，但仍不清楚这些颗粒是否控制前mRNA加工。在这里，我们开发了单个核苷酸分辨率UV交联和免疫沉淀（iCLIP）来研究hnRNP C在剪接调控中的作用。iCLIP数据表明hnRNP C识别具有与hnRNP颗粒组织一致的限定长程间距的尿苷束。hnRNP颗粒在内含子和外显子上组装，但通常保持被排除在剪接位点之外。将转录组范围的iCLIP数据和选择性剪接谱整合到“RNA图谱”中表明hnRNP颗粒的定位如何决定其对包含选择性外显子的影响。高分辨率iCLIP数据的能力，提供洞察这种调节的机制，为其他高阶核糖核蛋白复合物的研究提供了希望。
In the nucleus of eukaryotic cells, nascent transcripts are associated with heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) particles that are nucleated by hnRNP C. Despite their abundance however, it remained unclear whether these particles control pre-mRNA processing. Here, we developed individual-nucleotide resolution UV-cross-linking and immunoprecipitation (iCLIP) to study the role of hnRNP C in splicing regulation. iCLIP data demonstrate that hnRNP C recognizes uridine tracts with a defined long-range spacing consistent with hnRNP particle organization. hnRNP particles assemble on both introns and exons, but remain generally excluded from splice sites. Integration of transcriptome-wide iCLIP data and alternative splicing profiles into an ‘RNA map’ indicates how the positioning of hnRNP particles determines their effect on inclusion of alternative exons. The ability of high-resolution iCLIP data to provide insights into the mechanism of this regulation holds promise for studies of other higher-order ribonucleoprotein complexes.
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