Ribose-Map: a bioinformatics toolkit to map ribonucleotides embedded in genomic DNA.
Ribose-Map: a bioinformatics toolkit to map ribonucleotides embedded in genomic DNA.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gky874
复制
发表时间：
2019-01-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Storici F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gombolay AL;Vannberg FO;Storici F
高通量测序技术的最新进展使得标记嵌入基因组DNA中的核糖核苷一磷酸（rNMPs）进行测序成为可能。rNMP测序实验产生大型复杂的数据集，这些数据集需要高效、可扩展的软件，这些软件可以独立于所使用的特定测序技术准确地映射嵌入的rNMP。设计用于映射嵌入基因组DNA中的rNMP的当前计算管道针对仅使用一种类型的rNMP测序技术生成的数据进行定制。为了标准化rNMP测序实验的处理和分析，我们开发了Ribose-Map。通过一系列分析模块，Ribose-Map将原始测序数据转换为摘要数据集和结果的可发表可视化，使生物学家能够识别嵌入的rNMP的位点，研究这些rNMP的核苷酸序列背景并探索其全基因组分布。通过容纳来自任何可用的rNMP测序技术的数据，Ribose-Map可以提高rNMP测序实验的再现性，并实现这些实验的头对头比较。
Recent advances in high-throughput sequencing techniques have made it possible to tag ribonucleoside monophosphates (rNMPs) embedded in genomic DNA for sequencing. rNMP sequencing experiments generate large, complex datasets that require efficient, scalable software that can accurately map embedded rNMPs independently of the particular sequencing technique used. Current computational pipelines designed to map rNMPs embedded in genomic DNA are customized for data generated using only one type of rNMP sequencing technique. To standardize the processing and analysis of rNMP sequencing experiments, we developed Ribose-Map. Through a series of analytical modules, Ribose-Map transforms raw sequencing data into summary datasets and publication-ready visualizations of results, allowing biologists to identify sites of embedded rNMPs, study the nucleotide sequence context of these rNMPs and explore their genome-wide distribution. By accommodating data from any of the available rNMP sequencing techniques, Ribose-Map can increase the reproducibility of rNMP sequencing experiments and enable a head-to-head comparison of these experiments.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1016/0921-8734(92)90038-q
发表时间：
1992-09-01
期刊：
MUTATION RESEARCH
影响因子：
--
作者：
RANDERATH, K;REDDY, R;RANDERATH, E
通讯作者：
RANDERATH, E
影响因子：
64.8
作者：
Reijns, Martin A. M.;Kemp, Harriet;Ding, James;de Proce, Sophie Marion;Jackson, Andrew P.;Taylor, Martin S.
通讯作者：
Taylor, Martin S.
影响因子：
16.8
作者：
Clausen, Anders R.;Lujan, Scott A.;Burkholder, Adam B.;Orebaugh, Clinton D.;Williams, Jessica S.;Clausen, Maryam F.;Malc, Ewa P.;Mieczkowski, Piotr A.;Fargo, David C.;Smith, Duncan J.;Kunkel, Thomas A.
通讯作者：
Kunkel, Thomas A.