iNetModels 2.0: an interactive visualization and database of multi-omics data.
iNetModels 2.0: an interactive visualization and database of multi-omics data.
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DOI：
10.1093/nar/gkab254
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发表时间：
2021-07-02
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mardinoglu A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Arif M;Zhang C;Li X;Güngör C;Çakmak B;Arslantürk M;Tebani A;Özcan B;Subaş O;Zhou W;Piening B;Turkez H;Fagerberg L;Price N;Hood L;Snyder M;Nielsen J;Uhlen M;Mardinoglu A
揭示各种组学数据之间的关联对于全面了解人类健康和疾病中改变的生物过程至关重要。到目前为止，很少有研究集中在收集和展示多组学协会在一个单一的数据库。在这里，我们提出了iNetModels，一个多组学生物网络（MOBN）的交互式数据库和可视化平台。该平台描述了临床化学，人体测量参数，血浆蛋白质组学，血浆代谢组学以及从相同个体获得的口腔和肠道微生物组的宏基因组学之间的关联。此外，iNetModels还包括组织和癌症特异性基因共表达网络（GCN），用于探索特定基因之间的联系。该平台允许用户交互式地探索单个特征与其他组学数据的关联，并定制其特定背景（例如，男性/女性特定）。用户还可以注册他们的数据，以共享和可视化MOBN和GCN。此外，iNetModels允许没有生物信息学背景的用户促进人类健康和疾病研究。iNetModels可以在https://inetmodels.com上免费访问，没有任何限制。iNetModels 2.0：多组学数据的交互式可视化和数据库。
It is essential to reveal the associations between various omics data for a comprehensive understanding of the altered biological process in human wellness and disease. To date, very few studies have focused on collecting and exhibiting multi-omics associations in a single database. Here, we present iNetModels, an interactive database and visualization platform of Multi-Omics Biological Networks (MOBNs). This platform describes the associations between the clinical chemistry, anthropometric parameters, plasma proteomics, plasma metabolomics, as well as metagenomics for oral and gut microbiome obtained from the same individuals. Moreover, iNetModels includes tissue- and cancer-specific Gene Co-expression Networks (GCNs) for exploring the connections between the specific genes. This platform allows the user to interactively explore a single feature's association with other omics data and customize its particular context (e.g. male/female specific). The users can also register their data for sharing and visualization of the MOBNs and GCNs. Moreover, iNetModels allows users who do not have a bioinformatics background to facilitate human wellness and disease research. iNetModels can be accessed freely at https://inetmodels.com without any limitation. iNetModels 2.0: an interactive visualization and database of multi-omics data.
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影响因子：
9.9
作者：
Mardinoglu A;Bjornson E;Zhang C;Klevstig M;Söderlund S;Ståhlman M;Adiels M;Hakkarainen A;Lundbom N;Kilicarslan M;Hallström BM;Lundbom J;Vergès B;Barrett PH;Watts GF;Serlie MJ;Nielsen J;Uhlén M;Smith U;Marschall HU;Taskinen MR;Boren J
通讯作者：
Boren J
DOI：
10.1038/nrg.2018.4
发表时间：
2018-05
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Karczewski KJ;Snyder MP
通讯作者：
Snyder MP
影响因子：
29
作者：
Mardinoglu A;Wu H;Bjornson E;Zhang C;Hakkarainen A;Räsänen SM;Lee S;Mancina RM;Bergentall M;Pietiläinen KH;Söderlund S;Matikainen N;Ståhlman M;Bergh PO;Adiels M;Piening BD;Granér M;Lundbom N;Williams KJ;Romeo S;Nielsen J;Snyder M;Uhlén M;Bergström G;Perkins R;Marschall HU;Bäckhed F;Taskinen MR;Borén J
通讯作者：
Borén J
影响因子：
12.3
作者：
Hasin Y;Seldin M;Lusis A
通讯作者：
Lusis A
影响因子：
16.6
作者：
Tebani, Abdellah;Gummesson, Anders;Fagerberg, Linn
通讯作者：
Fagerberg, Linn