miRspring: a compact standalone research tool for analyzing miRNA-seq data.
miRspring: a compact standalone research tool for analyzing miRNA-seq data.
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DOI：
10.1093/nar/gkt485
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发表时间：
2013-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Suter CM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Humphreys DT;Suter CM
microRNA（miRNA）分析的高通量测序已经揭示了miRNA加工变体的巨大复杂性，但是对于那些没有生物信息学专业知识和大型计算能力的人来说，这些是难以辨别的。在这篇文章中，我们介绍了miRNA序列分析（miRspring）（http：mirspring.victorchang.edu.au），这是一种软件解决方案，可以创建一个小型便携式研究文档，可视化，计算和报告miRNA加工的复杂性。我们设计了一种索引压缩算法，允许miRspring文档在保留小文件大小（通常<3 MB）的同时再现完整的miRNA序列数据集。通过对73个公开数据集的分析，我们展示了miRspring在评估质量参数、miRNA簇表达水平和miRNA加工方面的功能。此外，我们报告了一类新的miRNA变体，我们称之为种子异构体，通过miRspring文件的新型可视化工具识别。进一步的研究发现，大约30%的人类miRBase条目可能具有种子-isomiR。我们相信miRspring将是一个非常有用的研究工具，它将增强对miRNA数据集的分析，从而增加我们对miRNA生物学的理解。
High-throughput sequencing for microRNA (miRNA) profiling has revealed a vast complexity of miRNA processing variants, but these are difficult to discern for those without bioinformatics expertise and large computing capability. In this article, we present miRNA Sequence Profiling (miRspring) (http://mirspring.victorchang.edu.au), a software solution that creates a small portable research document that visualizes, calculates and reports on the complexities of miRNA processing. We designed an index-compression algorithm that allows the miRspring document to reproduce a complete miRNA sequence data set while retaining a small file size (typically <3 MB). Through analysis of 73 public data sets, we demonstrate miRspring’s features in assessing quality parameters, miRNA cluster expression levels and miRNA processing. Additionally, we report on a new class of miRNA variants, which we term seed-isomiRs, identified through the novel visualization tools of the miRspring document. Further investigation identified that ∼30% of human miRBase entries are likely to have a seed-isomiR. We believe that miRspring will be a highly useful research tool that will enhance the analysis of miRNA data sets and thus increase our understanding of miRNA biology.
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