The Structure of MESSI Biological Systems
The Structure of MESSI Biological Systems
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MESSI生物系统的结构
DOI：
--
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发表时间：
2016
影响因子：
2.1
通讯作者：
A. Dickenstein
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
M. P. Millán;A. Dickenstein
我们介绍了一个生物系统的一般框架，称为MESSI系统，它描述了酶底物或交换与中间体的类型的修改，我们证明了一般的网络结构的基础上的结果。许多翻译后修饰网络是MESSI系统。举例来说：[Feliu和Wiuf（2012 a）]中的基序，顺序分布和进行性多位点磷酸化网络，[Angeli et al.（2007）]中的大多数例子，磷酸化级联，[Kothamachu et al.（2015）]中的双组分系统，[Shinar和Feinberg（2010）]中的细菌EnvZ/OmpR网络，以及所有线性网络。我们表明，在质量作用动力学，MESSI系统是保守的。我们通过显式消除中间络合物来简化这些系统的稳态研究，并给出条件以确保各种稳态的显式合理参数化（受[Feliu and Wiuf（2013 a，2013 b），Thomson and Gunawardena（2009）]的启发）。我们定义了具有复曲面稳态的MESSI系统的一个重要子类[P\'erez Mill\' an et al.（2012）]，并且我们为具有复曲面稳态的MESSI系统给出了一个简单的算法来确定多平稳性的容量。在这种情况下，该算法提供的速率常数发生多平稳性，定向拟阵的理论的基础上。
We introduce a general framework for biological systems, called MESSI systems, that describe Modifications of type Enzyme-Substrate or Swap with Intermediates, and we prove general results based on the network structure. Many post-translational modification networks are MESSI systems. For example: the motifs in [Feliu and Wiuf (2012a)], sequential distributive and processive multisite phosphorylation networks, most of the examples in [Angeli et al. (2007)], phosphorylation cascades, two component systems as in [Kothamachu et al. (2015)], the bacterial EnvZ/OmpR network in [Shinar and Feinberg (2010)], and all linear networks. We show that, under mass-action kinetics, MESSI systems are conservative. We simplify the study of steady states of these systems by explicit elimination of intermediate complexes and we give conditions to ensure an explicit rational parametrization of the variety of steady states (inspired by [Feliu and Wiuf (2013a, 2013b), Thomson and Gunawardena (2009)]). We define an important subclass of MESSI systems with toric steady states [P\'erez Mill\'an et al. (2012)] and we give for MESSI systems with toric steady states an easy algorithm to determine the capacity for multistationarity. In this case, the algorithm provides rate constants for which multistationarity takes place, based on the theory of oriented matroids.
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DOI：
10.1046/j.1432-1327.2000.01197.x
发表时间：
2000-03-01
期刊：
EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
--
作者：
Kholodenko, BN
通讯作者：
Kholodenko, BN
影响因子：
20.3
作者：
G. Pearson;Fred L Robinson;T. Gibson;Bing-e Xu;M. Karandikar;K. Berman;M. Cobb
通讯作者：
G. Pearson;Fred L Robinson;T. Gibson;Bing-e Xu;M. Karandikar;K. Berman;M. Cobb
影响因子：
10.5
作者：
IGO, MM;NINFA, AJ;SILHAVY, TJ
通讯作者：
SILHAVY, TJ
DOI：
10.1073/pnas.93.19.10078
发表时间：
1996-09-17
影响因子：
11.1
作者：
Huang, CYF;Ferrell, JE
通讯作者：
Ferrell, JE