SAIL--a software system for sample and phenotype availability across biobanks and cohorts.
SAIL--a software system for sample and phenotype availability across biobanks and cohorts.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq693
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发表时间：
2011-02-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Krestyaninova M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gostev M;Fernandez-Banet J;Rung J;Dietrich J;Prokopenko I;Ripatti S;McCarthy MI;Brazma A;Krestyaninova M
摘要：样本可用性系统 SAIL 是一个基于 Web 的应用程序，用于搜索、浏览和注释生物样本集合或生物库条目。通过提供有关特定数据类型（表型、遗传或基因组数据）和集合中样本的可用性的个体级信息，而不是实际的测量数据，可以促进资源整合。灵活的数据结构使馆藏所有者能够使用现有或自定义词汇表提供有关其样本的描述性信息。用户可以通过各种参数通过逻辑表达式组合来查询可用的样本。该系统可以扩展以保存来自数百万个样本和数千个变量的数据。可用性：SAIL 可在 Aferro-GPL 开源许可证下使用：https://github.com/sail。联系方式：gostev@ebi.ac.uk、support@simbioms.org 补充信息：补充数据可在生物信息学在线和 http://www.simbioms.org 上获取。
Summary: The Sample avAILability system—SAIL—is a web based application for searching, browsing and annotating biological sample collections or biobank entries. By providing individual-level information on the availability of specific data types (phenotypes, genetic or genomic data) and samples within a collection, rather than the actual measurement data, resource integration can be facilitated. A flexible data structure enables the collection owners to provide descriptive information on their samples using existing or custom vocabularies. Users can query for the available samples by various parameters combining them via logical expressions. The system can be scaled to hold data from millions of samples with thousands of variables. Availability: SAIL is available under Aferro-GPL open source license: https://github.com/sail. Contact: gostev@ebi.ac.uk, support@simbioms.org Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online and from http://www.simbioms.org.
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