Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility.
Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility.
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YdiV 抑制大肠杆菌鞭毛生物发生和运动的浓度依赖性机制的结构见解。
DOI：
10.1093/nar/gks869
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发表时间：
2012-11
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gu L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li B;Li N;Wang F;Guo L;Huang Y;Liu X;Wei T;Zhu D;Liu C;Pan H;Xu S;Wang HW;Gu L
YdiV 是细胞运动的负调节因子。它与 FlhD4C2 复合体相互作用，FlhD4C2 复合体是鞭毛主操纵子的产物，作为所有其他鞭毛操纵子的转录激活子。在这里，我们分别报道了分辨率为 1.9 Å 和 2.9 Å 的 YdiV 和 YdiV2-FlhD2 复合物的晶体结构。有趣的是，YdiV 与 FlhD4C2 形成多种类型的复合物。 YdiV1–FlhD4C2 和 YdiV2–FlhD4C2 仍与 DNA 结合，而 YdiV3–FlhD4C2 和 YdiV4–FlhD4C2 则不结合。 DNA 通过包裹 FlhC 亚基而不是 FlhD 亚基来结合 FlhD4C2。结构分析表明，只有两个外周 FlhD 亚基可与 YdiV 结合，形成 YdiV2-FlhD4C2 复合物，而不影响环状结构的完整性。 YdiV2-FlhD2 结构和 YdiV4-FlhD4C2 的负染色电子显微镜重建表明，第三个和第四个 YdiV 分子通过挤压到两个内部 D 亚基之间的 FlhD4C2 环状结构与 FlhD4C2 复合物结合。结果，环状结构打开，复合物失去了 DNA 结合能力。因此，YdiV仅在相对高的浓度下抑制FlhD4C2。
YdiV is a negative regulator of cell motility. It interacts with FlhD4C2 complex, a product of flagellar master operon, which works as the transcription activator of all other flagellar operons. Here, we report the crystal structures of YdiV and YdiV2–FlhD2 complex at 1.9 Å and 2.9 Å resolutions, respectively. Interestingly, YdiV formed multiple types of complexes with FlhD4C2. YdiV1–FlhD4C2 and YdiV2–FlhD4C2 still bound to DNA, while YdiV3–FlhD4C2 and YdiV4–FlhD4C2 did not. DNA bound FlhD4C2 through wrapping around the FlhC subunit rather than the FlhD subunit. Structural analysis showed that only two peripheral FlhD subunits were accessible for YdiV binding, forming the YdiV2–FlhD4C2 complex without affecting the integrity of ring-like structure. YdiV2–FlhD2 structure and the negative staining electron microscopy reconstruction of YdiV4–FlhD4C2 suggested that the third and fourth YdiV molecule bound to the FlhD4C2 complex through squeezing into the ring-like structure of FlhD4C2 between the two internal D subunits. Consequently, the ring-like structure opened up, and the complex lost DNA-binding ability. Thus, YdiV inhibits FlhD4C2 only at relatively high concentrations.
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--
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Sondermann H