Knock-down of 25 kDa subunit of cleavage factor Im in Hela cells alters alternative polyadenylation within 3'-UTRs.
Knock-down of 25 kDa subunit of cleavage factor Im in Hela cells alters alternative polyadenylation within 3'-UTRs.
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DOI：
10.1093/nar/gkl794
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Handa H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kubo T;Wada T;Yamaguchi Y;Shimizu A;Handa H
替代性聚腺苷酸化会产生具有可变 3' 末端的 mRNA。由于 3'-非翻译区 (3'-UTR) 通常含有影响 mRNA 或翻译的稳定性或定位的顺式元件，因此 3'-UTR 中 Poly(A) 位点的选择在哺乳动物细胞中受到调节。然而，3'-UTR 内替代性 Poly(A) 位点选择的分子基础尚不清楚。在这里，我们展示了裂解因子 Im (CFIm) 参与 3'-UTR 内的 Poly(A) 位点选择。 CFIm 是一种异二聚体 3' 末端加工复合物，其功能是在体外在 mRNA 前体上组装其他加工因子。我们敲低了 HeLa 细胞中 CFIm (CFIm25) 的 25 kDa 亚基，并通过 Northern blotting 分析了 TIMP-2、syndecan2、ERCC6 和 DHFR 基因的替代性 Poly(A) 位点选择。我们观察到 CFIm25 耗尽细胞中 mRNA 分布的变化，表明 CFIm 在替代性 Poly(A) 位点选择中的作用。此外，组织特异性分析表明，CFIm25 基因产生 1.1、2.0 和 4.6 kb mRNA。 4.6 kb mRNA 普遍表达，而 1.1 和 2.0 kb mRNA 以组织特异性方式表达。我们在 CFIm25 3'-UTR 中发现了三个可能的聚腺苷酸位点，表明存在替代性聚腺苷酸化。我们的结果表明，替代性 Poly(A) 位点选择是体内一个受到良好调控的过程。
Alternative polyadenylation leads to mRNAs with variable 3′ ends. Since a 3′-untranslated region (3′-UTR) often contains cis elements that impact stability or localization of mRNA or translation, selection of poly(A) sites in a 3′-UTR is regulated in mammalian cells. However, the molecular basis for alternative poly(A) site selection within a 3′-UTR has been unclear. Here we show involvement of cleavage factor Im (CFIm) in poly(A) site selection within a 3′-UTR. CFIm is a heterodimeric 3′ end-processing complex, which functions to assemble other processing factors on pre-mRNA in vitro. We knocked down 25 kDa subunit of CFIm (CFIm25) in HeLa cells and analyzed alternative poly(A) site selection of TIMP-2, syndecan2, ERCC6 and DHFR genes by northern blotting. We observed changes in the distribution of mRNAs in CFIm25 depleted cells, suggesting a role for CFIm in alternative poly(A) site selection. Furthermore, tissue specific analysis demonstrated that the CFIm25 gene gave rise to 1.1, 2.0 and 4.6 kb mRNAs. The 4.6 kb mRNA was ubiquitously expressed, while the 1.1 and 2.0 kb mRNAs were expressed in a tissue specific manner. We found three likely poly(A) sites in the CFIm25 3′-UTR, suggesting alternative polyadenylation. Our results indicate that alternative poly(A) site selection is a well-regulated process in vivo.
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DOI：
10.1073/pnas.95.24.14302
发表时间：
1998-11-24
影响因子：
11.1
作者：
Audibert, A;Simonelig, M
通讯作者：
Simonelig, M
影响因子：
4.5
作者：
Juge, F;Audibert, A;Simonelig, M
通讯作者：
Simonelig, M
DOI：
10.1073/pnas.95.19.11095
发表时间：
1998-09-15
影响因子：
11.1
作者：
Martincic, K;Campbell, R;Milcarek, C
通讯作者：
Milcarek, C
影响因子：
5.3
作者：
Phillips, C;Pachikara, N;Gunderson, SI
通讯作者：
Gunderson, SI
DOI：
10.1073/pnas.1332669100
发表时间：
2003-07-08
影响因子：
11.1
作者：
Fortes, P;Cuevas, Y;Gunderson, SI
通讯作者：
Gunderson, SI