ChIP-Seq Analysis in Neurospora crassa.
ChIP-Seq Analysis in Neurospora crassa.
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粗糙脉孢菌的 ChIP-Seq 分析。
DOI：
10.1007/978-1-4939-7804-5_19
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发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lewis,ZacharyA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ferraro,AileenR;Lewis,ZacharyA
染色质免疫沉淀与下一代测序（ChIP-seq）配对可用于确定转录因子、转录机制或组蛋白修饰的全基因组分布。DNA-蛋白质相互作用通过加入甲醛共价交联。染色质被制备和剪切，然后用适当的抗体免疫沉淀。在交联逆转和用蛋白酶处理后，对所得DNA片段进行测序并映射到参考基因组以确定总体富集。在这里，我们描述了一种ChIP-seq的方法来研究丝状真菌粗糙脉孢菌中的蛋白质-DNA相互作用。
Chromatin immunoprecipitation paired with next-generation sequencing (ChIP-seq) can be used to determine genome-wide distribution of transcriptions factors, transcriptional machinery, or histone modifications. DNA–protein interactions are covalently cross-linked with the addition of formaldehyde. Chromatin is prepared and sheared, then immunoprecipitated with the appropriate antibody. After reversal of cross-linking and treating with protease, the resulting DNA fragments are sequenced and mapped to the reference genome to determine overall enrichment. Here we describe a method of ChIP-seq for investigating protein–DNA interactions in the filamentous fungusNeurospora crassa.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S
DOI：
10.1007/978-1-4939-0512-6_5
发表时间：
2014
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
10.5
作者：
CHAMPLIN, DT;FRASCH, M;LIS, JT
通讯作者：
LIS, JT