Dupsifter: a lightweight duplicate marking tool for whole genome bisulfite sequencing.
Dupsifter: a lightweight duplicate marking tool for whole genome bisulfite sequencing.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btad729
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发表时间：
2023-12-01
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Shen, Hui
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morrison, Jacob;Zhou, Wanding;Johnson, Benjamin K.;Shen, Hui
在全基因组测序数据中，聚合酶链反应扩增会导致来自基因组相同位置的重复DNA片段。另一方面，制备全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）文库的过程可以从同一位置产生不应被认为是重复的两个DNA片段。目前，只存在一个WGBS感知的重复标记工具。但是，它只处理来自单个工具的输出，不接受流式输入或输出，并且需要相对于输入大小的大量内存。Dupsifter提供了一个与对齐器无关的重复标记工具，它是轻量级的，具有流功能，并且是内存高效的。源代码和二进制文件可以在https://github.com/huishenlab/dupsifter上根据MIT许可证免费获得。Dupsifter是用C实现的，在macOS和Linux上受支持。
In whole genome sequencing data, polymerase chain reaction amplification results in duplicate DNA fragments coming from the same location in the genome. The process of preparing a whole genome bisulfite sequencing (WGBS) library, on the other hand, can create two DNA fragments from the same location that should not be considered duplicates. Currently, only one WGBS-aware duplicate marking tool exists. However, it only works with the output from a single tool, does not accept streaming input or output, and requires a substantial amount of memory relative to the input size. Dupsifter provides an aligner-agnostic duplicate marking tool that is lightweight, has streaming capabilities, and is memory efficient. Source code and binaries are freely available at https://github.com/huishenlab/dupsifter under the MIT license. Dupsifter is implemented in C and is supported on macOS and Linux.
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