Proteoforms as the next proteomics currency.
Proteoforms as the next proteomics currency.
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DOI：
10.1126/science.aat1884
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发表时间：
2018-03-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kelleher NL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith LM;Kelleher NL
蛋白质形式--从基因组中产生的不同形式的蛋白质，具有各种序列变异、剪接异构体和无数的翻译后修饰(1)--是所有生物系统中的关键元素(见左图)。杨氏等人(2)最近表明，从给定基因的剪接变体产生的蛋白质-不同的蛋白质形式-可以与由完全不同的基因编码的蛋白质产生的蛋白质的功能一样不同。Liet al.(3)表明剪接变异体在调节复杂性状中起着中心作用。然而，蛋白质组学分析的标准范例，即由Eng和Yates在大约20年前开创的“自下而上”策略(4)，并不直接识别蛋白质形式。我们认为，蛋白质组学分析需要提供蛋白质形式本身的身份和丰度，而不仅仅是它们的多肽替代品。开发新的蛋白质组策略来实现这一目标是一项艰巨但并非不可逾越的技术挑战，将使生物医学界受益。
Proteoforms—the different forms of proteins produced from the genome with a variety of sequence variations, splice isoforms, and myriad posttranslational modifications (1)—are critical elements in all biological systems (see the figure, left). Yanget al.(2) recently showed that the functions of proteins produced from splice variants from a given gene—different proteoforms—can be as different as those for proteins encoded by entirely different genes. Liet al.(3) showed that splice variants play a central role in modulating complex traits. However, the standard paradigm of proteomic analysis, the “bottom-up” strategy pioneered by Eng and Yates some 20 years ago (4), does not directly identify proteoforms. We argue that proteomic analysis needs to provide the identities and abundances of the proteoforms themselves, rather than just their peptide surrogates. Developing new proteome-wide strategies to accomplish this goal presents a formidable but not insurmountable technological challenge that will benefit the biomedical community.
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影响因子：
4.4
作者：
Wang, Xiaojing;Slebos, Robbert J. C.;Wang, Dong;Halvey, Patrick J.;Tabb, David L.;Liebler, Daniel C.;Zhang, Bing
通讯作者：
Zhang, Bing
DOI：
10.1073/pnas.0710515105
发表时间：
2008-03-18
影响因子：
11.1
作者：
Phanstiel, Doug;Brumbaugh, Justin;Coon, Joshua J.
通讯作者：
Coon, Joshua J.
影响因子：
64.8
作者：
Tran, John C.;Zamdborg, Leonid;Ahlf, Dorothy R.;Lee, Ji Eun;Catherman, Adam D.;Durbin, Kenneth R.;Tipton, Jeremiah D.;Vellaichamy, Adaikkalam;Kellie, John F.;Li, Mingxi;Wu, Cong;Sweet, Steve M. M.;Early, Bryan P.;Siuti, Nertila;LeDuc, Richard D.;Compton, Philip D.;Thomas, Paul M.;Kelleher, Neil L.
通讯作者：
Kelleher, Neil L.
影响因子：
64.5
作者：
Yang X;Coulombe-Huntington J;Kang S;Sheynkman GM;Hao T;Richardson A;Sun S;Yang F;Shen YA;Murray RR;Spirohn K;Begg BE;Duran-Frigola M;MacWilliams A;Pevzner SJ;Zhong Q;Wanamaker SA;Tam S;Ghamsari L;Sahni N;Yi S;Rodriguez MD;Balcha D;Tan G;Costanzo M;Andrews B;Boone C;Zhou XJ;Salehi-Ashtiani K;Charloteaux B;Chen AA;Calderwood MA;Aloy P;Roth FP;Hill DE;Iakoucheva LM;Xia Y;Vidal M
通讯作者：
Vidal M
DOI：
10.1126/science.aad9417
发表时间：
2016-04-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Li YI;van de Geijn B;Raj A;Knowles DA;Petti AA;Golan D;Gilad Y;Pritchard JK
通讯作者：
Pritchard JK