Improving small molecule force fields by identifying and characterizing small molecules with inconsistent parameters.
Improving small molecule force fields by identifying and characterizing small molecules with inconsistent parameters.
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DOI：
10.1007/s10822-020-00367-1
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发表时间：
2021-03
影响因子：
3.5
通讯作者：
Mobley DL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ehrman JN;Lim VT;Bannan CC;Thi N;Kyu DY;Mobley DL
许多分子模拟方法使用力场来帮助建模和模拟分子及其在各种环境中的行为。力场是一组函数和参数，用于计算作为原子坐标函数的化学系统的势能。尽管力场被广泛使用，但它们的不足之处通常被认为是导致分子模拟中的系统误差的原因。此外，不同的力场往往会在具有相同仿真设置的相同系统上产生不同的结果。在这里，我们提出了一个管道比较小分子构象的几何形状。我们的目标是确定分子或化学物质，特别是为未来的力场发展提供信息，因为它们显示力场之间的不一致性。我们将管道应用于eMolecules数据库的一个子集，并突出显示了在不同力场中参数化不一致的分子。然后，我们在这些分子组中鉴定了过度代表的官能团。通过该管道识别的分子和部分可能对未来的力场参数化特别有帮助。
Many molecular simulation methods use force fields to help model and simulate molecules and their behavior in various environments. Force fields are sets of functions and parameters used to calculate the potential energy of a chemical system as a function of the atomic coordinates. Despite the widespread use of force fields, their inadequacies are often thought to contribute to systematic errors in molecular simulations. Furthermore, different force fields tend to give varying results on the same systems with the same simulation settings. Here, we present a pipeline for comparing the geometries of small molecule conformers. We aimed to identify molecules or chemistries that are particularly informative for future force field development because they display inconsistencies between force fields. We applied our pipeline to a subset of the eMolecules database, and highlighted molecules that appear to be parameterized inconsistently across different force fields. We then identified over-represented functional groups in these molecule sets. The molecules and moieties identified by this pipeline may be particularly helpful for future force field parameterization.
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影响因子：
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作者：
JORGENSEN, WL;CHANDRASEKHAR, J;KLEIN, ML
通讯作者：
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作者：
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