ncFANs: a web server for functional annotation of long non-coding RNAs.
ncFANs: a web server for functional annotation of long non-coding RNAs.
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ncFAN：用于长非编码 RNA 功能注释的网络服务器
DOI：
10.1093/nar/gkr432
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhao Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liao Q;Xiao H;Bu D;Xie C;Miao R;Luo H;Zhao G;Yu K;Zhao H;Skogerbø G;Chen R;Wu Z;Liu C;Zhao Y
最近的兴趣，在非编码转录组已导致在哺乳动物基因组中的大量的长非编码RNA（lncRNA）的鉴定，其中大部分还没有功能上的特点。因此，这些lncRNA的潜在功能的计算探索将促进在这一研究领域的进一步工作。我们开发了一个实用且用户友好的Web界面，称为ncFANs（非编码RNA功能注释服务器），这是第一个用于人类和小鼠lncRNA功能注释的Web服务。在重新注释的Affyssin微阵列数据的基础上，ncFANs提供了两种替代的lncRNA功能注释策略：一种是利用编码-非编码基因共表达（CNC）网络的三个方面，另一种是识别条件相关的差异表达lncRNA。ncFANs引入了一种高效的方式来重新使用丰富的预先存在的微阵列数据。目前版本的ncFAN包括10个人类和小鼠AffymiRNAs微阵列的重新注释的CDF文件，并且服务器将不断更新更多重新注释的微阵列平台和lncRNA数据。ncFANs可在http://www.ebiomed.org/ncFANs/或http://www.noncode.org/ncFANs/上免费访问。
Recent interest in the non-coding transcriptome has resulted in the identification of large numbers of long non-coding RNAs (lncRNAs) in mammalian genomes, most of which have not been functionally characterized. Computational exploration of the potential functions of these lncRNAs will therefore facilitate further work in this field of research. We have developed a practical and user-friendly web interface called ncFANs (non-coding RNA Function ANnotation server), which is the first web service for functional annotation of human and mouse lncRNAs. On the basis of the re-annotated Affymetrix microarray data, ncFANs provides two alternative strategies for lncRNA functional annotation: one utilizing three aspects of a coding-non-coding gene co-expression (CNC) network, the other identifying condition-related differentially expressed lncRNAs. ncFANs introduces a highly efficient way of re-using the abundant pre-existing microarray data. The present version of ncFANs includes re-annotated CDF files for 10 human and mouse Affymetrix microarrays, and the server will be continuously updated with more re-annotated microarray platforms and lncRNA data. ncFANs is freely accessible at http://www.ebiomed.org/ncFANs/ or http://www.noncode.org/ncFANs/.
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