sRNAMap: genomic maps for small non-coding RNAs, their regulators and their targets in microbial genomes.
sRNAMap: genomic maps for small non-coding RNAs, their regulators and their targets in microbial genomes.
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sRNAMap：微生物基因组中小非编码 RNA、其调节因子及其靶标的基因组图谱。
DOI：
10.1093/nar/gkn852
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Huang, Hsien-Da
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang, Hsi-Yuan;Chang, Heng-Yi;Chou, Chih-Hung;Tseng, Ching-Ping;Ho, Shinn-Ying;Yang, Chi-Dung;Ju, Yih-Wei;Huang, Hsien-Da
小的非编码rna （sRNAs）在原核生物中具有多种生物学功能，影响蛋白质合成和蛋白质活性。最近，在大肠杆菌和其他细菌中发现了许多srna及其靶点。有一个关于微生物基因组中小非编码rna注释的综合资源是至关重要的。本工作通过整合多种生物数据库和查阅文献，提出了一个集成数据库，即sRNAMap，以收集sRNA基因、sRNA转录调控因子和sRNA靶基因。在该资源中，我们收集了70个微生物基因组中的397个sRNAs， 62个调控因子/sRNAs和60个sRNAs/靶点。此外，还为进一步研究提供了更多有价值的信息，如sRNAs的二级结构、sRNAs的表达条件、sRNAs的表达谱、sRNAs的转录起始位点以及与其他生物学数据库的交联。此外，还设计和实现了各种文本和图形界面，以方便sRNAMap中的数据访问。sRNAMap可在http://sRNAMap.mbc.nctu.edu.tw/上获得。
Small non-coding RNAs (sRNAs) carry out a variety of biological functions and affect protein synthesis and protein activities in prokaryotes. Recently, numerous sRNAs and their targets were identified in Escherichia coli and in other bacteria. It is crucial to have a comprehensive resource concerning the annotation of small non-coding RNAs in microbial genomes. This work presents an integrated database, namely sRNAMap, to collect the sRNA genes, the transcriptional regulators of sRNAs and the sRNA target genes by integrating a variety of biological databases and by surveying literature. In this resource, we collected 397 sRNAs, 62 regulators/sRNAs and 60 sRNAs/targets in 70 microbial genomes. Additionally, more valuable information of the sRNAs, such as the secondary structure of sRNAs, the expressed conditions of sRNAs, the expression profiles of sRNAs, the transcriptional start sites of sRNAs and the cross-links to other biological databases, are provided for further investigation. Besides, various textual and graphical interfaces were designed and implemented to facilitate the data access in sRNAMap. sRNAMap is available at http://sRNAMap.mbc.nctu.edu.tw/.
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