The UCSC Archaeal Genome Browser.
The UCSC Archaeal Genome Browser.
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DOI：
10.1093/nar/gkj134
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lowe, Todd M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schneider, Kevin L.;Pollard, Katherine S.;Baertsch, Robert;Pohl, Andy;Lowe, Todd M.
随着越来越多的古细菌基因组被测序，需要有效的研究和分析工具来整合任何给定基因座可用的各种信息。功能丰富的 UCSC 基因组浏览器最初是为了注释人类基因组而创建的，可应用于任何已测序的生物体。我们创建了 UCSC 古菌基因组浏览器，可在 上获取，目前有 26 个古菌基因组。它显示来自多个来源的 G/C 内容、基因和操纵子注释、序列基序（启动子和 Shine-Dalgarno）、微阵列数据、多基因组比对以及跨系统发育和栖息地类别的蛋白质保护。我们鼓励贡献者提交新的实验和生物信息分析。该工具的目的是帮助生物学发现并促进古菌研究界内更大的合作。
As more archaeal genomes are sequenced, effective research and analysis tools are needed to integrate the diverse information available for any given locus. The feature-rich UCSC Genome Browser, created originally to annotate the human genome, can be applied to any sequenced organism. We have created a UCSC Archaeal Genome Browser, available at , currently with 26 archaeal genomes. It displays G/C content, gene and operon annotation from multiple sources, sequence motifs (promoters and Shine-Dalgarno), microarray data, multi-genome alignments and protein conservation across phylogenetic and habitat categories. We encourage submission of new experimental and bioinformatic analysis from contributors. The purpose of this tool is to aid biological discovery and facilitate greater collaboration within the archaeal research community.
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