To milliseconds and beyond: challenges in the simulation of protein folding.
To milliseconds and beyond: challenges in the simulation of protein folding.
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DOI：
10.1016/j.sbi.2012.11.002
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发表时间：
2013-02
影响因子：
6.8
通讯作者：
Pande VS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lane TJ;Shukla D;Beauchamp KA;Pande VS
定量精确的全原子分子动力学（MD）模拟蛋白质折叠一直被认为是计算生物学的圣杯。由于涉及的系统规模大，时间尺度长，这样的追求多年来在计算上是难以解决的。此外，需要开发足够精确的力场，以便真实地模拟折叠。然而，这十年来，第一次报道了折叠模拟，描述了毫秒级的动力学，将许多蛋白质牢牢地放在了这些方法的范围内。然而，在采样和力场精度方面的进展提出了一个新的挑战：如何将巨大的MD数据集转化为科学认识。在这里，我们回顾了MD模拟技术的最新进展，并展示了这些技术产生的大量数据集如何为分析带来新的挑战。我们批判性地讨论了最先进的，包括反应坐标和马尔可夫状态模型（MSM）的方法，并提供了未来的前景。
Quantitatively accurate all-atom molecular dynamics (MD) simulations of protein folding have long been considered a holy grail of computational biology. Due to the large system sizes and long timescales involved, such a pursuit was for many years computationally intractable. Further, sufficiently accurate forcefields needed to be developed in order to realistically model folding. This decade, however, saw the first reports of folding simulations describing kinetics on the order of milliseconds, placing many proteins firmly within reach of these methods. Progress in sampling and forcefield accuracy, however, presents a new challenge: how to turn huge MD datasets into scientific understanding. Here, we review recent progress in MD simulation techniques and show how the vast datasets generated by such techniques present new challenges for analysis. We critically discuss the state of the art, including reaction coordinate and Markov state model (MSM) methods, and provide a perspective for the future.
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影响因子：
5.5
作者：
Beauchamp, Kyle A.;Lin, Yu-Shan;Das, Rhiju;Pande, Vijay S.
通讯作者：
Pande, Vijay S.
影响因子：
3.4
作者：
Best, Robert B.;Buchete, Nicolae-Viorel;Hummer, Gerhard
通讯作者：
Hummer, Gerhard
DOI：
10.1073/pnas.0408098102
发表时间：
2005-05-10
影响因子：
11.1
作者：
Best, RB;Hummer, G
通讯作者：
Hummer, G
DOI：
10.1126/science.1215768
发表时间：
2012-02-24
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Chung HS;McHale K;Louis JM;Eaton WA
通讯作者：
Eaton WA
影响因子：
6.8
作者：
Deechongkit, S;Nguyen, H;Kelly, JW
通讯作者：
Kelly, JW