Principles of Chromosome Architecture Revealed by Hi-C.
Principles of Chromosome Architecture Revealed by Hi-C.
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DOI：
10.1016/j.tibs.2018.03.006
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发表时间：
2018-06
影响因子：
13.8
通讯作者：
Eagen KP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eagen KP
染色体在间期细胞核内折叠和紧致，但这种折叠的分子基础尚不清楚。染色体构象捕获方法，如Hi-C，结合了染色质的化学交联，然后是片段化，DNA连接和高通量DNA测序，以检测邻近的全基因组位点。Hi-C揭示了染色质分为活性区室和非活性区室的分离，以及DNA折叠成自相关结构域和环。最近的研究表明，耗尽CTCF、内聚蛋白或内聚蛋白相关蛋白会影响大多数结构域和环，其方式与通过挤压染色质环进行DNA折叠的模型一致。区隔不依赖于CTCF或黏结蛋白。Hi-C接触图代表CTCF/黏结依赖和不依赖折叠态的叠加。
Chromosomes are folded and compacted within interphase nuclei, but the molecular basis of this folding is poorly understood. Chromosome conformation capture methods, such as Hi-C, combine chemical cross-linking of chromatin followed by fragmentation, DNA ligation, and high-throughput DNA sequencing to detect neighboring loci genome-wide. Hi-C has revealed the segregation of chromatin into active and inactive compartments, and the folding of DNA into self-associating domains and loops. Depleting CTCF, cohesin, or cohesin-associated proteins was recently shown to affect the majority of domains and loops in a manner that is consistent with a model of DNA folding through extrusion of chromatin loops. Compartmentation was not dependent on CTCF or cohesin. Hi-C contact maps represent the superimposition of CTCF/cohesin-dependent and -independent folding states.
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DOI：
10.1126/science.aar7831
发表时间：
2018-04-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Ganji M;Shaltiel IA;Bisht S;Kim E;Kalichava A;Haering CH;Dekker C
通讯作者：
Dekker C
影响因子：
64.5
作者：
Haarhuis JHI;van der Weide RH;Blomen VA;Yáñez-Cuna JO;Amendola M;van Ruiten MS;Krijger PHL;Teunissen H;Medema RH;van Steensel B;Brummelkamp TR;de Wit E;Rowland BD
通讯作者：
Rowland BD
影响因子：
14.9
作者：
Cubeñas-Potts C;Rowley MJ;Lyu X;Li G;Lei EP;Corces VG
通讯作者：
Corces VG
影响因子：
11.4
作者：
Eichinger, Christian S.;Kurze, Alexander;Nasmyth, Kim
通讯作者：
Nasmyth, Kim
由局部 A/B 区室确定的大型植物基因组的 3D 染色质结构。
影响因子：
27.5
作者：
Dong, Pengfei;Tu, Xiaoyu;Zhong, Silin
通讯作者：
Zhong, Silin