@TOME-2: a new pipeline for comparative modeling of protein-ligand complexes.
@TOME-2: a new pipeline for comparative modeling of protein-ligand complexes.
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DOI：
10.1093/nar/gkp368
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发表时间：
2009-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Labesse G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pons JL;Labesse G
@Tome 2.0是基于比较分析的致力于蛋白质结构建模和小配体对接的新网络管道。@Tome 2.0支持折叠识别、模板选择、结构对齐编辑、结构比较、3D模型构建和评估。这些任务通常用于序列分析以进行结构预测。在我们的流水线中，必要的软件以原始的方式高效地相互连接，以加速所有过程。此外，我们还连接了使用蛋白质-蛋白质叠加执行的小配体的比较对接。输入的是一个简单的蛋白质序列，由一个字母组成，没有注释。由此得到的3D模型、蛋白质-配体复合体和结构比对可以通过专用的Web界面可视化，或者可以下载以供进一步研究。这些原始特征将有助于蛋白质的功能注释以及选择用于分子建模和虚拟筛选的模板。文中描述了几个例子，以突出这条管道提供的一些新功能。该服务器及其文档可在http://abcis.cbs.cnrs.fr/AT2/上免费获得
@TOME 2.0 is new web pipeline dedicated to protein structure modeling and small ligand docking based on comparative analyses. @TOME 2.0 allows fold recognition, template selection, structural alignment editing, structure comparisons, 3D-model building and evaluation. These tasks are routinely used in sequence analyses for structure prediction. In our pipeline the necessary software is efficiently interconnected in an original manner to accelerate all the processes. Furthermore, we have also connected comparative docking of small ligands that is performed using protein–protein superposition. The input is a simple protein sequence in one-letter code with no comment. The resulting 3D model, protein–ligand complexes and structural alignments can be visualized through dedicated Web interfaces or can be downloaded for further studies. These original features will aid in the functional annotation of proteins and the selection of templates for molecular modeling and virtual screening. Several examples are described to highlight some of the new functionalities provided by this pipeline. The server and its documentation are freely available at http://abcis.cbs.cnrs.fr/AT2/
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影响因子：
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作者：
Catherinot, V;Labesse, G
通讯作者：
Labesse, G
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Thornton, Janet M.
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14.9
作者：
Martin L;Catherinot V;Labesse G
通讯作者：
Labesse G
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Söding, J
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Söding, J
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作者：
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Declerck, Nathalie