Advancing analytical algorithms and pipelines for billions of microbial sequences.
Advancing analytical algorithms and pipelines for billions of microbial sequences.
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DOI：
10.1016/j.copbio.2011.11.028
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发表时间：
2012-02
影响因子：
7.7
通讯作者：
Knight, Rob
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gonzalez, Antonio;Knight, Rob
使用新技术测序工作产生的大量微生物序列要求我们重新评估当前可用的分析方法和工具。在这里，我们描述了微生物序列数据分析软件的发展和分布趋势。然后，我们专注于一组广泛使用的方法，降维技术，它允许用户总结和比较这些庞大的数据集。最后，我们强调实用程序的正式软件工程方法开发的计算生物学工具，并需要新的算法比较微生物群落。这种大规模的比较将使我们能够实现在可复制的分析环境中快速整合和比较微生物序列数据集的梦想，以描述我们居住的微生物世界。
The vast number of microbial sequences resulting from sequencing efforts using new technologies require us to re-assess currently available analysis methodologies and tools. Here we describe trends in the development and distribution of software for analyzing microbial sequence data. We then focus on one widely used set of methods, dimensionality reduction techniques, which allow users to summarize and compare these vast datasets. We conclude by emphasizing the utility of formal software engineering methods for development of computational biology tools, and the need for new algorithms for comparing microbial communities. Such large-scale comparisons will allow us to fulfill the dream of rapid integration and comparison of microbial sequence data sets, in a replicable analytical environment, in order to describe the microbial world we inhabit.
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影响因子：
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作者：
Bartram, Andrea K.;Lynch, Michael D. J.;Neufeld, Josh D.
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Angiuoli SV;Matalka M;Gussman A;Galens K;Vangala M;Riley DR;Arze C;White JR;White O;Fricke WF
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通讯作者：
Knight, Rob
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Lauber CL;Zhou N;Gordon JI;Knight R;Fierer N
通讯作者：
Fierer N
DOI：
10.1073/pnas.1000080107
发表时间：
2011-03-15
影响因子：
11.1
作者：
Caporaso, J. Gregory;Lauber, Christian L.;Knight, Rob
通讯作者：
Knight, Rob