Characterization of the emerging B.1.621 variant of interest of SARS-CoV-2.
Characterization of the emerging B.1.621 variant of interest of SARS-CoV-2.
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DOI：
10.1016/j.meegid.2021.105038
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发表时间：
2021-11
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Mercado-Reyes M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Laiton-Donato K;Franco-Muñoz C;Álvarez-Díaz DA;Ruiz-Moreno HA;Usme-Ciro JA;Prada DA;Reales-González J;Corchuelo S;Herrera-Sepúlveda MT;Naizaque J;Santamaría G;Rivera J;Rojas P;Ortiz JH;Cardona A;Malo D;Prieto-Alvarado F;Gómez FR;Wiesner M;Martínez MLO;Mercado-Reyes M
严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 遗传多样性有可能影响病毒的传播性以及自然感染或疫苗引起的中和抗体的逃避。在这里，根据纳米孔扩增子 ARTIC 网络协议和 PANGOLIN 管道，对 2021 年 1 月至 4 月期间在哥伦比亚传播的 SARS-CoV-2 的代表性样本进行了基因组测序和谱系测定。这一策略使我们能够识别 B.1.621 谱系的出现，该谱系被认为是感兴趣的变体 (VOI)，其中积累了影响 Spike 蛋白的多个取代，包括氨基酸变化 I95I、Y144T、Y145S 以及 N 端结构域中的 146 N 插入、受体结合结构域 (RBD) 中的 R346K、E484K 和 N501Y 以及 P681H 位于 Spike 蛋白的 S1/S2 切割位点。在马格达莱纳、大西洋、玻利瓦尔、波哥大特区和桑坦德，接近理论群体免疫的频率和固定时间在相对较短的时间内迅速增加，表明存在流行病学影响。需要进一步的研究来评估 B.1.621 谱系中发现的替代模式的生物学和流行病学作用。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genetic diversity has the potential to impact the virus transmissibility and the escape from natural infection- or vaccine-elicited neutralizing antibodies. Here, representative samples from circulating SARS-CoV-2 in Colombia between January and April 2021, were processed for genome sequencing and lineage determination following the nanopore amplicon ARTIC network protocol and PANGOLIN pipeline. This strategy allowed us to identify the emergence of the B.1.621 lineage, considered a variant of interest (VOI) with the accumulation of several substitutions affecting the Spike protein, including the amino acid changes I95I, Y144T, Y145S and the insertion 146 N in the N-terminal domain, R346K, E484K and N501Y in the Receptor binding Domain (RBD) and P681H in the S1/S2 cleavage site of the Spike protein. The rapid increase in frequency and fixation in a relatively short time in Magdalena, Atlantico, Bolivar, Bogotá D.C, and Santander that were near the theoretical herd immunity suggests an epidemiologic impact. Further studies will be required to assess the biological and epidemiologic roles of the substitution pattern found in the B.1.621 lineage.
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SARS-COV-2血统的估计可传播和影响B.1.1.7在英国。
DOI：
10.1126/science.abg3055
发表时间：
2021-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Davies NG;Abbott S;Barnard RC;Jarvis CI;Kucharski AJ;Munday JD;Pearson CAB;Russell TW;Tully DC;Washburne AD;Wenseleers T;Gimma A;Waites W;Wong KLM;van Zandvoort K;Silverman JD;CMMID COVID-19 Working Group;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Diaz-Ordaz K;Keogh R;Eggo RM;Funk S;Jit M;Atkins KE;Edmunds WJ
通讯作者：
Edmunds WJ
影响因子：
11.8
作者：
Laiton-Donato K;Villabona-Arenas CJ;Usme-Ciro JA;Franco-Muñoz C;Álvarez-Díaz DA;Villabona-Arenas LS;Echeverría-Londoño S;Cucunubá ZM;Franco-Sierra ND;Flórez AC;Ferro C;Ajami NJ;Walteros DM;Prieto F;Durán CA;Ospina-Martínez ML;Mercado-Reyes M
通讯作者：
Mercado-Reyes M
影响因子：
64.5
作者：
Garcia-Beltran WF;Lam EC;St Denis K;Nitido AD;Garcia ZH;Hauser BM;Feldman J;Pavlovic MN;Gregory DJ;Poznansky MC;Sigal A;Schmidt AG;Iafrate AJ;Naranbhai V;Balazs AB
通讯作者：
Balazs AB
影响因子：
82.9
作者：
Xie, Xuping;Liu, Yang;Shi, Pei-Yong
通讯作者：
Shi, Pei-Yong
影响因子：
1.3
作者：
Das, Porag J.;Sagal, Kyra M.;Heisler, Michele
通讯作者：
Heisler, Michele