Genomic Epidemiology of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2, Colombia.
Genomic Epidemiology of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2, Colombia.
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DOI：
10.3201/eid2612.202969
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发表时间：
2020-12
影响因子：
11.8
通讯作者：
Mercado-Reyes M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Laiton-Donato K;Villabona-Arenas CJ;Usme-Ciro JA;Franco-Muñoz C;Álvarez-Díaz DA;Villabona-Arenas LS;Echeverría-Londoño S;Cucunubá ZM;Franco-Sierra ND;Flórez AC;Ferro C;Ajami NJ;Walteros DM;Prieto F;Durán CA;Ospina-Martínez ML;Mercado-Reyes M
哥伦比亚的冠状病毒病（COVID-19）于2020年2月26日在一名来自意大利的旅行者中首次被诊断出。然而，有关COVID-19传入该国的起源和数量的数据有限。我们从我们收集的43个临床样本中对COVID-19的病原体严重急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）进行了测序，沿着了来自哥伦比亚的另外79个基因组序列。我们通过流行病学、历史航空旅行和系统发育观察，调查了SARS-CoV-2进入哥伦比亚的出现和输入途径。我们的研究提供了多个引进的证据，主要来自欧洲，并记录了>12个谱系。系统发育研究结果验证了谱系多样性，支持多输入事件，并证明了流行病学联系的传播链的进化关系。我们的研究结果重建了哥伦比亚SARS-CoV-2的早期进化史，并强调了基因组测序在补充COVID-19疫情调查方面的优势。
Coronavirus disease (COVID-19) in Colombia was first diagnosed in a traveler arriving from Italy on February 26, 2020. However, limited data are available on the origins and number of introductions of COVID-19 into the country. We sequenced the causative agent of COVID-19, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), from 43 clinical samples we collected, along with another 79 genome sequences available from Colombia. We investigated the emergence and importation routes for SARS-CoV-2 into Colombia by using epidemiologic, historical air travel, and phylogenetic observations. Our study provides evidence of multiple introductions, mostly from Europe, and documents >12 lineages. Phylogenetic findings validate the lineage diversity, support multiple importation events, and demonstrate the evolutionary relationship of epidemiologically linked transmission chains. Our results reconstruct the early evolutionary history of SARS-CoV-2 in Colombia and highlight the advantages of genome sequencing to complement COVID-19 outbreak investigations.
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影响因子：
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作者：
He, Xi;Lau, Eric H. Y.;Leung, Gabriel M.
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Leung, Gabriel M.
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通讯作者：
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Korber, Bette;Fischer, Will M.;Montefiori, David C.
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