Transcriptomic data of Clozapine-treated Ngn2-induced Human Excitatory Neurons.
Transcriptomic data of Clozapine-treated Ngn2-induced Human Excitatory Neurons.
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DOI：
10.1016/j.dib.2021.106897
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发表时间：
2021-04
期刊：
影响因子：
1.2
通讯作者：
Avramopoulos D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lam AN;Peng X;Das D;Bader JS;Avramopoulos D
我们使用使用神经生成素-2过表达的快速21天诱导的方案产生人兴奋性神经元（Zhang等人，2013）在公众可获得的对照iPSC系中。我们通过免疫荧光和转录组学验证了神经元的多巴胺能神经元身份。我们将12个重复神经元培养物中的6个在培养的最后3天暴露于治疗血浆水平的氯氮平（300 ng/mL），并且将剩余的6个重复暴露于单独的氯氮平溶剂（甲醇）以用作对照。我们收获培养物并提取总RNA，耗尽核糖体RNA并对其进行RNA测序。在6份对照重复样品中，2份RNA质量控制不合格，因此共6份暴露培养物和4份对照培养物用于进一步分析。在这里，我们提供了原始测序数据以及所有基因及其表达水平的列表，这些基因及其表达水平来自RNA测序。该数据集可用作未来研究的参考数据，这些研究涉及其他神经元细胞类型、氯氮平暴露条件和其他抗精神病药物。相关研究文章：Das，D.，彭，X. Lam，A.N.，Bader，J.S.，Avramopoulos，D.，2021.人类诱导兴奋性神经元的转录组分析支持氯氮平对胆固醇生物合成的强烈影响。Schizophr Res 228，324 - 326. (Das例如，2021年）。
We generated human excitatory neurons using a protocol for rapid 21-day induction using neurogenin-2 overexpression (Zhang et al., 2013) in a publicly available control iPSC line. We validated the glutamatergic neuronal identity of the neurons by immunofluorescence and transcriptomics. We exposed 6 of the 12 replicate neuron cultures to therapeutic plasma levels of clozapine (300 ng/mL) for the last 3 days of culture, and the remaining 6 to replicates to the clozapine solvent alone (methanol) to be used as controls. We harvested the cultures and extracted total RNA, depleted ribosomal RNA and subjected them to RNA sequencing. Of the 6 control replicates 2 failed RNA quality control, and thus a total of 6 exposed and 4 control cultures were used for further analysis. Here, we provide that raw sequencing data as well as a list of all of the genes and their expression levels resulting from the RNA-sequencing. This dataset can be used as a reference data for future studies that access additional neuronal cell types, clozapine exposure conditions, and other antipsychotic medication. Related Research Article: Das, D., Peng, X., Lam, A.N., Bader, J.S., Avramopoulos, D., 2021. Transcriptome analysis of human induced excitatory neurons supports a strong effect of clozapine on cholesterol biosynthesis. Schizophr Res 228, 324–326. (Das et al., 2021).
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影响因子：
--
作者：
Soneson C;Love MI;Robinson MD
通讯作者：
Robinson MD
影响因子：
14.8
作者：
Pertea, Mihaela;Kim, Daehwan;Pertea, Geo M.;Leek, Jeffrey T.;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp352
发表时间：
2009-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Li H;Handsaker B;Wysoker A;Fennell T;Ruan J;Homer N;Marth G;Abecasis G;Durbin R;1000 Genome Project Data Processing Subgroup
通讯作者：
1000 Genome Project Data Processing Subgroup
影响因子：
16.2
作者：
Zhang Y;Pak C;Han Y;Ahlenius H;Zhang Z;Chanda S;Marro S;Patzke C;Acuna C;Covy J;Xu W;Yang N;Danko T;Chen L;Wernig M;Südhof TC
通讯作者：
Südhof TC
影响因子：
46.9
作者：
Pertea M;Pertea GM;Antonescu CM;Chang TC;Mendell JT;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL