gofasta: command-line utilities for genomic epidemiology research.
gofasta: command-line utilities for genomic epidemiology research.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btac424
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发表时间：
2022-08-10
期刊：
影响因子：
5.8
通讯作者：
Jackson, Ben
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jackson, Ben
gofasta包括一组命令行实用程序，用于在基因组流行病学背景下处理短组装基因组的比对。它是为处理大量密切相关的SARS-CoV-2病毒基因组而开发的，应该对其他密集采样的病原体基因组数据集有用。它提供的功能是将组装的基因组之间的sam格式成对比对转换为fasta格式;注释多个序列比对中的突变，并通过遗传距离测量提取序列集用于疫情调查。gofasta是一个在MIT许可下发布的开源项目。二进制文件可以从Bioconda的https：//github.com/virus-evolution/gofasta获得，也可以通过Go编程语言的包管理系统获得。源代码和进一步的文档，包括常见用例的walktool，可在GitHub存储库中获得。
gofasta comprises a set of command-line utilities for handling alignments of short assembled genomes in a genomic epidemiology context. It was developed for processing large numbers of closely related SARS-CoV-2 viral genomes and should be useful with other densely sampled pathogen genomic datasets. It provides functions to convert sam-format pairwise alignments between assembled genomes to fasta format; to annotate mutations in multiple sequence alignments, and to extract sets of sequences by genetic distance measures for use in outbreak investigations. gofasta is an open-source project distributed under the MIT license. Binaries are available at https://github.com/virus-evolution/gofasta, from Bioconda, and through the Go programming language’s package management system. Source code and further documentation, including walkthroughs for common use cases, are available on the GitHub repository.
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DOI：
10.1038/nrg.2017.88
发表时间：
2018-01
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Gardy JL;Loman NJ
通讯作者：
Loman NJ
影响因子：
10.7
作者：
TAMURA, K;NEI, M
通讯作者：
NEI, M
影响因子：
5.8
作者：
Li, Heng
通讯作者：
Li, Heng
影响因子：
3.3
作者：
Moustafa AM;Planet PJ
通讯作者：
Planet PJ
使用PANGOLIN工具在新兴大流行中分配流行病学谱系。
影响因子：
5.3
作者：
O'Toole Á;Scher E;Underwood A;Jackson B;Hill V;McCrone JT;Colquhoun R;Ruis C;Abu-Dahab K;Taylor B;Yeats C;du Plessis L;Maloney D;Medd N;Attwood SW;Aanensen DM;Holmes EC;Pybus OG;Rambaut A
通讯作者：
Rambaut A