Sequencing cyclic peptides by multistage mass spectrometry.
Sequencing cyclic peptides by multistage mass spectrometry.
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DOI：
10.1002/pmic.201000697
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发表时间：
2011-09
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mohimani, Hosein;Yang, Yu-Liang;Liu, Wei-Ting;Hsieh, Pei-Wen;Dorrestein, Pieter C.;Pevzner, Pavel A.
一些最有效的抗生素（例如，万古霉素和达托霉素是通过非核糖体生物合成途径产生的环肽。虽然已经对数百种生物医学上重要的环肽进行了测序，但用于测序环肽的计算技术仍处于起步阶段。用于测序肽抗生素和其他环肽的先前方法是基于核磁共振光谱法，并且需要大量（毫克）纯化的材料，对于大多数化合物来说，这是不可能获得的。最近，基于质谱的方法的发展为使用皮克材料的环肽的精确测序提供了一些希望。在本文中，我们开发了一种方法，用于测序的环肽多级质谱，并显示其优于单级质谱。该方法是测试已知的和新的环肽短芽孢杆菌，石竹和灰色链霉菌，以及一个新的家庭的环肽产生的海洋细菌。
Some of the most effective antibiotics (e.g., Vancomycin and Daptomycin) are cyclic peptides produced by non-ribosomal biosynthetic pathways. While hundreds of biomedically important cyclic peptides have been sequenced, the computational techniques for sequencing cyclic peptides are still in their infancy. Previous methods for sequencing peptide antibiotics and other cyclic peptides are based on Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy, and require large amount (miligrams) of purified materials that, for most compounds, are not possible to obtain. Recently, development of mass spectrometry based methods has provided some hope for accurate sequencing of cyclic peptides using picograms of materials. In this paper we develop a method for sequencing of cyclic peptides by multistage mass spectrometry, and show its advantages over single stage mass spectrometry. The method is tested on known and new cyclic peptides from Bacillus brevis, Dianthus superbus and Streptomyces griseus, as well as a new family of cyclic peptides produced by marine bacteria.
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DOI：
10.1073/pnas.1008368107
发表时间：
2010-09-14
影响因子：
11.1
作者：
Liu, Wei-Ting;Yang, Yu-Liang;Dorrestein, Pieter C.
通讯作者：
Dorrestein, Pieter C.
影响因子：
56.9
作者：
Tang, YQ;Yuan, J;Selsted, ME
通讯作者：
Selsted, ME
DOI：
10.1038/ja.2010.22
发表时间：
2010-05
期刊：
The Journal of antibiotics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.83.17.6233
发表时间：
1986-09-01
影响因子：
11.1
作者：
HUNT, DF;YATES, JR;HAUER, CR
通讯作者：
HAUER, CR
影响因子：
2
作者：
Ma, B;Zhang, KZ;Lajoie, G
通讯作者：
Lajoie, G