Gene transfers can date the tree of life.
Gene transfers can date the tree of life.
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DOI：
10.1038/s41559-018-0525-3
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发表时间：
2018-05
影响因子：
16.8
通讯作者：
Szöllősi GJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davín AA;Tannier E;Williams TA;Boussau B;Daubin V;Szöllősi GJ
生物多样性一直以微生物为主，细菌、古生物和微生物真核生物化石的稀缺阻碍了对生命之树的全面测年。在这里，我们表明，从现代基因组的分析推导出的横向基因转移模式编码一个新的和丰富的信息来源的时间共存的谱系在整个生命的历史。我们使用最先进的物种树意识系统发育方法来重建数千个基因家族的历史，并证明基因转移所暗示的日期与细菌，细菌和真核生物中宽松的分子钟的估计一致。我们提出了物种的顺序，根据LGT校准到地质时间的三个数据集，包括40个基因组的蓝藻，60个基因组的真菌和60个基因组的真菌。对基因转移和生物钟之间的差异进行的检查以及与哺乳动物化石的比较表明，微生物中的基因转移可能与大型生物中的地质记录一样，可以为生命树提供信息。
Biodiversity has always been predominantly microbial and the scarcity of fossils from Bacteria, Archaea and microbial Eukaryotes has prevented a comprehensive dating of the tree of life. Here we show that patterns of lateral gene transfer deduced from the analysis of modern genomes encode a novel and abundant source of information about the temporal coexistence of lineages throughout the history of life. We use state-of-the-art species tree aware phylogenetic methods to reconstruct the history of thousands of gene families and demonstrate that dates implied by gene transfers are consistent with estimates from relaxed molecular clocks in Bacteria, Archaea and Eukaryotes. We present the order of speciations according to LGT calibrated to geological time for three datasets comprised of 40 genomes for Cyanobacteria, 60 genomes for Archaea and 60 genomes for Fungi. An inspection of discrepancies between transfers and clocks and a comparison with mammal fossils show that gene transfer in microbes is potentially as informative for dating the tree of life as the geological record in macroorganisms.
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