Characterization of Conformational Ensembles of Protonated N-glycans in the Gas-Phase.
Characterization of Conformational Ensembles of Protonated N-glycans in the Gas-Phase.
复制标题
气相中质子化N-聚糖的构象合奏的表征。
DOI：
10.1038/s41598-018-20012-0
复制
发表时间：
2018-01-26
影响因子：
4.6
通讯作者：
Sugita Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Re S;Watabe S;Nishima W;Muneyuki E;Yamaguchi Y;MacKerell AD Jr;Sugita Y
离子淌度质谱 (IM-MS) 是一种能够根据生物分子的碰撞截面 (CCS) 研究生物分子结构变化的技术。 IM-MS 的最新进展使我们能够分离具有细微构象差异的碳水化合物异构体，但 CCS 和原子结构之间的关系仍然难以捉摸。在这里，我们使用增强采样的分子动力学模拟来表征电喷雾电离条件下气相 N-聚糖的构象集合。我们发现异构体之间 CCS 的分离反映了 N-聚糖的折叠特征，这是由化学成分和质子化状态决定的。提供 N-聚糖 CCS 的物理化学基础不仅有助于解释 IM-MS 测量结果，还有助于估计复杂聚糖的 CCS。
Ion mobility mass spectrometry (IM-MS) is a technique capable of investigating structural changes of biomolecules based on their collision cross section (CCS). Recent advances in IM-MS allow us to separate carbohydrate isomers with subtle conformational differences, but the relationship between CCS and atomic structure remains elusive. Here, we characterize conformational ensembles of gas-phase N-glycans under the electrospray ionization condition using molecular dynamics simulations with enhanced sampling. We show that the separation of CCSs between isomers reflects folding features of N-glycans, which are determined both by chemical compositions and protonation states. Providing a physicochemical basis of CCS for N-glycans helps not only to interpret IM-MS measurements but also to estimate CCSs of complex glycans.
登录
查看更多内容
影响因子：
16.6
作者：
Arcella, Annalisa;Dreyer, Jens;Orozco, Modesto
通讯作者：
Orozco, Modesto
影响因子：
5.5
作者：
Guvench, Olgun;Hatcher, Elizabeth;Venable, Richard M.;Pastor, Richard W.;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
3
作者：
Guvench, Olgun;Greene, Shannon N.;Kamath, Ganesh;Brady, John W.;Venable, Richard M.;Pastor, Richard W.;Mackerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
Mackerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
21.8
作者：
Bleiholder, Christian;Dupuis, Nicholas F.;Wyttenbach, Thomas;Bowers, Michael T.
通讯作者：
Bowers, Michael T.
影响因子：
--
作者：
Mesleh, MF;Hunter, JM;Jarrold, MF
通讯作者：
Jarrold, MF