Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells.
Targeted and genome-scale strategies reveal gene-body methylation signatures in human cells.
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DOI：
10.1038/nbt.1533
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发表时间：
2009-04
影响因子：
46.9
通讯作者：
Church, George M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ball, Madeleine P.;Li, Jin Billy;Gao, Yuan;Lee, Je-Hyuk;LeProust, Emily M.;Park, In-Hyun;Xie, Bin;Daley, George Q.;Church, George M.
胞嘧啶甲基化是DNA的表观遗传修饰，是开发高通量谱分析技术的越来越感兴趣的目标。在这里，我们介绍了两个新的，互补的胞嘧啶甲基化分析技术，利用下一代测序技术：亚硫酸氢盐挂锁探针（BSPP）和甲基敏感切割计数（MSCC）。在第一种方法中，我们设计了一组分布在ENCODE试点项目区域的约10，000个BSPP，以利用现有的表达和染色质免疫沉淀数据。我们在高表达基因中观察到低启动子甲基化与高基因体甲基化的模式。使用第二种方法MSCC，我们收集了140万个HpaII位点的基因组规模数据，并证实了高表达基因中的基因体甲基化是整个基因组的一致现象。我们的观察结果突出了技术的有用性，这些技术不是固有的或故意偏向于只分析特定的子集，如CpG岛或启动子区域。
Cytosine methylation, an epigenetic modification of DNA, is a target of growing interest for developing high throughput profiling technologies. Here we introduce two new, complementary techniques for cytosine methylation profiling utilizing next generation sequencing technology: bisulfite padlock probes (BSPPs) and methyl sensitive cut counting (MSCC). In the first method, we designed a set of ~10,000 BSPPs distributed over the ENCODE pilot project regions to take advantage of existing expression and chromatin immunoprecipitation data. We observed a pattern of low promoter methylation coupled with high gene body methylation in highly expressed genes. Using the second method, MSCC, we gathered genome-scale data for 1.4 million HpaII sites and confirmed that gene body methylation in highly expressed genes is a consistent phenomenon over the entire genome. Our observations highlight the usefulness of techniques which are not inherently or intentionally biased in favor of only profiling particular subsets like CpG islands or promoter regions.
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影响因子：
46.9
作者：
Deng, Jie;Shoemaker, Robert;Xie, Bin;Gore, Athurva;LeProust, Emily M.;Antosiewicz-Bourget, Jessica;Egli, Dieter;Maherali, Nimet;Park, In-Hyun;Yu, Junying;Daley, George Q.;Eggan, Kevin;Hochedlinger, Konrad;Thomson, James;Wang, Wei;Gao, Yuan;Zhang, Kun
通讯作者：
Zhang, Kun
影响因子：
7
作者：
Ge, B;Gurd, S;Pastinen, T
通讯作者：
Pastinen, T
影响因子：
7
作者：
Khulan, Batbayar;Thompson, Reid F.;Greally, John M.
通讯作者：
Greally, John M.
影响因子：
56.9
作者：
NILSSON, M;MALMGREN, H;LANDEGREN, U
通讯作者：
LANDEGREN, U
影响因子：
30.8
作者：
Keshet, I;Schlesinger, Y;Simon, I
通讯作者：
Simon, I