A decade of RNA virus metagenomics is (not) enough.
A decade of RNA virus metagenomics is (not) enough.
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DOI：
10.1016/j.virusres.2017.10.014
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发表时间：
2018-01-15
期刊：
影响因子：
5
通讯作者：
Greninger AL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Greninger AL
回顾RNA病毒宏基因组学的第一个十年左右的状态。RNA病毒宏基因组学的历史、原理、协议和重大发现。需要更多的努力来跟进现有的RNA病毒发现。宏基因组学在我们最近对RNA病毒多样性的理解中所起的作用怎么强调都不过分。宏基因组学在21世纪世纪带来了RNA病毒种、属和科数量的爆炸性增长，远远超过了在18世纪发现显微镜用于真核生物或在19世纪发现培养基用于细菌学或在20世纪发现病毒学之后的数量。如果用序列多样性和进化距离来衡量生物体发现的成功，那么RNA病毒胜出。本文探讨了RNA病毒宏基因组学的历史、迄今为止RNA病毒宏基因组学取得成功的原因以及方法学问题。此外，该综述简要介绍了临床宏基因组学和环境宏基因组学，并强调了近年来定义RNA病毒发现快节奏的一些关键成就。十年多一点的时间里，这个领域已经从它的发现中筋疲力尽，但知道还有更多的发现。
Review of the state of the first decade or so of RNA virus metagenomics. History, principles, protocols, and major discoveries in RNA virus metagenomics. More effort in following up on existing RNA viral discoveries is needed. It is hard to overemphasize the role that metagenomics has had on our recent understanding of RNA virus diversity. Metagenomics in the 21st century has brought with it an explosion in the number of RNA virus species, genera, and families far exceeding that following the discovery of the microscope in the 18th century for eukaryotic life or culture media in the 19th century for bacteriology or the 20th century for virology. When the definition of success in organism discovery is measured by sequence diversity and evolutionary distance, RNA viruses win. This review explores the history of RNA virus metagenomics, reasons for the successes so far in RNA virus metagenomics, and methodological concerns. In addition, the review briefly covers clinical metagenomics and environmental metagenomics and highlights some of the critical accomplishments that have defined the fast pace of RNA virus discoveries in recent years. Slightly more than a decade in, the field is exhausted from its discoveries but knows that there is yet even more out there to be found.
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DOI：
10.1073/pnas.0504666102
发表时间：
2005-09-06
影响因子：
11.1
作者：
Allander, T;Tammi, MT;Andersson, B
通讯作者：
Andersson, B
影响因子：
2.7
作者：
Adams, Michael J.;Lefkowitz, Elliot J.;Davison, Andrew J.
通讯作者：
Davison, Andrew J.
影响因子：
3.8
作者：
Bekal, Sadia;Domier, Leslie L.;Lambert, Kris N.
通讯作者：
Lambert, Kris N.
影响因子：
1.7
作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
DOI：
10.1056/nejmoa1211115
发表时间：
2013-08-08
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Bhatt AS;Freeman SS;Herrera AF;Pedamallu CS;Gevers D;Duke F;Jung J;Michaud M;Walker BJ;Young S;Earl AM;Kostic AD;Ojesina AI;Hasserjian R;Ballen KK;Chen YB;Hobbs G;Antin JH;Soiffer RJ;Baden LR;Garrett WS;Hornick JL;Marty FM;Meyerson M
通讯作者：
Meyerson M