Northern Spotted Owl (Strix occidentalis caurina) Genome: Divergence with the Barred Owl (Strix varia) and Characterization of Light-Associated Genes.
Northern Spotted Owl (Strix occidentalis caurina) Genome: Divergence with the Barred Owl (Strix varia) and Characterization of Light-Associated Genes.
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DOI：
10.1093/gbe/evx158
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发表时间：
2017-10-01
影响因子：
3.3
通讯作者：
Dumbacher JP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hanna ZR;Henderson JB;Wall JD;Emerling CA;Fuchs J;Runckel C;Mindell DP;Bowie RCK;DeRisi JL;Dumbacher JP
我们在这里报告了北方斑点猫头鹰（Strix occidentalis caurina）基因组的组装。我们使用九个文库生成了 90 倍覆盖率的 Illumina 双端序列数据，插入长度范围为 ∼250 至 9,600nt，读段长度为 100 至 375nt。基因组组装由 8,108 个支架组成，总长度为 1.26 × 109 nt，N50 长度为 3.98 × 106 nt。我们计算了 S. o. 的全基因组固定指数 (FST)。 caurina 与关系密切的条纹猫头鹰 (Strix varia) 为 0.819。我们在我们的基因组组装以及仓鸮 (Tyto alba) 的基因组组装中检查了 19 个编码具有光依赖性功能的蛋白质的基因。我们提供了在 S. o. 中丢失其中三个的基因组证据。 caurina 和 T. alba 中的四个。我们认为，大多数与光相关的基因功能在猫头鹰中得到了保留，并且它们的丧失并未达到与其他适应微光的脊椎动物相同的程度。
We report here the assembly of a northern spotted owl (Strix occidentalis caurina) genome. We generated Illumina paired-end sequence data at 90× coverage using nine libraries with insert lengths ranging from ∼250 to 9,600 nt and read lengths from 100 to 375 nt. The genome assembly is comprised of 8,108 scaffolds totaling 1.26 × 109 nt in length with an N50 length of 3.98 × 106 nt. We calculated the genome-wide fixation index (FST) of S. o. caurina with the closely related barred owl (Strix varia) as 0.819. We examined 19 genes that encode proteins with light-dependent functions in our genome assembly as well as in that of the barn owl (Tyto alba). We present genomic evidence for loss of three of these in S. o. caurina and four in T. alba. We suggest that most light-associated gene functions have been maintained in owls and their loss has not proceeded to the same extent as in other dim-light-adapted vertebrates.
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