Improvements of the Hierarchical Approach for Predicting RNA Tertiary Structure
Improvements of the Hierarchical Approach for Predicting RNA Tertiary Structure
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预测 RNA 三级结构的分层方法的改进
DOI：
10.1080/07391102.2011.10508609
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发表时间：
2011-04
影响因子：
4.4
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
RNA三级结构的计算预测是一个重大挑战，特别是对于较长的RNA和伪结。目前，纯全原子分子动力学模拟还很难做到这一点。一种可能的方法是通过分级步骤：从序列到二级结构，然后到三级结构。在这里，我们提出了这种方法的两个关键步骤，手动调整原子碰撞和键拉伸和分子动力学细化的改进。我们提供了一个能量函数来找到原子碰撞和键拉伸的位置，并指导他们的手动调整和一个新的方案的分子动力学优化使用的溶剂模型和ff98琥珀力场适合RNA的测试组合。我们预测了9个典型的RNA分子的三级结构，长度从12到52，包括发夹，双螺旋和假结。
Abstract Computational prediction of RNA tertiary structures is a significant challenge, especially for longer RNA and pseudoknots. At present it is still difficult to do this by pure all-atom molecular dynamics simulation. One of possible approaches is through hierarchical steps: from sequence to secondary structure and then to tertiary structure. Here we present improvements of two key steps of this approach, the manual adjustment of atom clashes and bond stretches and molecular dynamics refinement. We provide an energy function to find the locations of atom clashes and bond stretches and to guide their manual adjustment and a new scheme of molecular dynamics refinement using a tested combination of solvent model and the ff98 Amber force field suitable for RNA. We predicted with higher accuracy the tertiary structures of nine typical RNA molecules of lengths from 12 to 52, including hairpins, duplex helices and pseudoknots.
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DOI：
10.1103/physreve.74.022901
发表时间：
2006-08
期刊：
Physical review. E, Statistical, nonlinear, and soft matter physics
影响因子：
--
作者：
Shihua Zhang;Yi Xiao
通讯作者：
Shihua Zhang;Yi Xiao
通过分子动力学模拟深入了解底物诱导的蛋白酶 K 蛋白质运动变化
影响因子：
4.4
作者：
Liu, Shu-Qun;Rao, Zi-He;Tao, Yan
通讯作者：
Tao, Yan
DOI：
10.1080/07391102.2010.10507336
发表时间：
2010-02
影响因子：
4.4
作者：
Petr Sklenovský;M. Otyepka
通讯作者：
Petr Sklenovský;M. Otyepka
影响因子：
2.9
作者：
Yaroslava G. Yingling;B. Shapiro
通讯作者：
Yaroslava G. Yingling;B. Shapiro
影响因子：
4
作者：
E. Capriotti;M. Martí-Renom
通讯作者：
E. Capriotti;M. Martí-Renom