A method for counting PCR template molecules with application to next-generation sequencing.
A method for counting PCR template molecules with application to next-generation sequencing.
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DOI：
10.1093/nar/gkr217
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lichtenstein CP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Casbon JA;Osborne RJ;Brenner S;Lichtenstein CP
聚合酶链式反应扩增常用于制备用于下一代测序的模板DNA分子。扩增增加了可用于测序的分子的数量，但改变了扩增产物中模板分子的表示，并引入了随机误差。这种表示的变化阻碍了需要准确量化模板分子的应用，例如等位基因调用或微生物多样性的估计。我们提出了一种使用简并碱基来计算模板分子数量的简单方法，并表明它提高了基因分型的准确性，并消除了PCR扩增中的噪声。该方法可以很容易地添加到现有的DNA文库制备技术中，并可以提高变体调用的准确性。
Amplification by polymerase chain reaction is often used in the preparation of template DNA molecules for next-generation sequencing. Amplification increases the number of available molecules for sequencing but changes the representation of the template molecules in the amplified product and introduces random errors. Such changes in representation hinder applications requiring accurate quantification of template molecules, such as allele calling or estimation of microbial diversity. We present a simple method to count the number of template molecules using degenerate bases and show that it improves genotyping accuracy and removes noise from PCR amplification. This method can be easily added to existing DNA library preparation techniques and can improve the accuracy of variant calling.
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影响因子：
56.9
作者：
Sultan, Marc;Schulz, Marcel H.;Yaspo, Marie-Laure
通讯作者：
Yaspo, Marie-Laure
DOI：
10.1073/pnas.0808319105
发表时间：
2008-10-21
影响因子：
11.1
作者：
Fan, H. Christina;Blumenfeld, Yair J.;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
DOI：
10.1073/pnas.93.6.2582
发表时间：
1996-03-19
影响因子：
11.1
作者：
Lin, ZW;Cui, XF;Li, HH
通讯作者：
Li, HH
影响因子：
48
作者：
Mortazavi, Ali;Williams, Brian A.;Wold, Barbara
通讯作者：
Wold, Barbara
影响因子：
46.9
作者：
Gnirke A;Melnikov A;Maguire J;Rogov P;LeProust EM;Brockman W;Fennell T;Giannoukos G;Fisher S;Russ C;Gabriel S;Jaffe DB;Lander ES;Nusbaum C
通讯作者：
Nusbaum C