A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.
A genome-wide RNAi screen for modifiers of the circadian clock in human cells.
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DOI：
10.1016/j.cell.2009.08.031
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发表时间：
2009-10-02
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Kay SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang EE;Liu AC;Hirota T;Miraglia LJ;Welch G;Pongsawakul PY;Liu X;Atwood A;Huss JW 3rd;Janes J;Su AI;Hogenesch JB;Kay SA
二十年的研究确定了十多个时钟基因，并定义了昼夜节律振荡器功能的生化反馈机制。为了识别额外的时钟基因和修饰因子，我们在人类细胞时钟模型中进行了全基因组 siRNA 筛选。近千个基因的敲除降低了节律幅度。对周期长度或增加幅度的有效影响不太常见；我们发现了数百个这样的内容，并在辅助屏幕中确认了它们。这些基因的一个子集的表征证明了对振荡器功能的剂量依赖性影响。蛋白质相互作用网络分析表明，数十种基因产物直接或间接与已知的时钟成分相关。通路分析显示，这些基因在胰岛素和刺猬信号、细胞周期和叶酸代谢的组成部分中被过度代表。结合显示许多这些途径受时钟调节的数据，我们得出结论，时钟与细胞功能的许多方面相互关联。
Two decades of research identified more than a dozen clock genes and defined a biochemical feedback mechanism of circadian oscillator function. To identify additional clock genes and modifiers, we conducted a genome-wide siRNA screen in a human cellular clock model. Knockdown of nearly a thousand genes reduced rhythm amplitude. Potent effects on period length or increased amplitude were less frequent; we found hundreds of these and confirmed them in secondary screens. Characterization of a subset of these genes demonstrated a dosage-dependent effect on oscillator function. Protein interaction network analysis showed that dozens of gene products directly or indirectly associate with known clock components. Pathway analysis revealed these genes are overrepresented for components of insulin and hedgehog signaling, the cell cycle, and the folate metabolism. Coupled with data showing many of these pathways are clock-regulated, we conclude the clock is interconnected with many aspects of cellular function.
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影响因子：
4.5
作者：
Liu AC;Tran HG;Zhang EE;Priest AA;Welsh DK;Kay SA
通讯作者：
Kay SA
DOI：
10.1073/pnas.1932773100
发表时间：
2003-10-14
影响因子：
11.1
作者：
Iourgenko, V;Zhang, WJ;Labow, MA
通讯作者：
Labow, MA
DOI：
10.1093/jnci/86.17.1297
发表时间：
1994-09-07
期刊：
JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE
影响因子：
--
作者：
FLORENES, VA;MAELANDSMO, GM;FODSTAD, O
通讯作者：
FODSTAD, O
影响因子：
64.5
作者：
Balsalobre, A;Damiola, F;Schibler, U
通讯作者：
Schibler, U
影响因子：
10.5
作者：
Maier, Bert;Wendt, Sabrina;Kramer, Achim
通讯作者：
Kramer, Achim