CRISPRMatch: An Automatic Calculation and Visualization Tool for High-throughput CRISPR Genome-editing Data Analysis.
CRISPRMatch: An Automatic Calculation and Visualization Tool for High-throughput CRISPR Genome-editing Data Analysis.
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CRISPRMatch：用于高通量 CRISPR 基因组编辑数据分析的自动计算和可视化工具
DOI：
10.7150/ijbs.24581
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发表时间：
2018
影响因子：
9.2
通讯作者：
Zhang T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
You Q;Zhong Z;Ren Q;Hassan F;Zhang Y;Zhang T
定制设计的核酸酶，包括CRISPR-Cas9和CRISPR-Cpf 1，被广泛用于实现精确的基因组编辑。高通量测序技术的高覆盖率、低成本和可定量性使其成为评价定制核酸酶效率的有效方法。然而，与标准化的转录组协议相比，NGS数据缺乏连接不同工具的用户友好的管道，这些工具可以自动计算突变，评估编辑效率并实现更全面的数据集，可以可视化。在这里，我们开发了一个基于python脚本的自动独立工具包，即CRISPRMatch，通过整合分析步骤，如定位读数和标准化读数计数，计算突变频率（缺失和插入），评估基因组编辑的效率和准确性，以及可视化结果（表格和图形），来处理CRISPR核酸酶转化原生质体的高通量基因组编辑数据。CRISPR-Cas9和CRISPR-Cpf 1核酸酶都得到了CRISPRMatch工具包的支持，集成代码已经在GitHub上发布（https：//github.com/zhangtaolab/CRISPRMatch）。
Custom-designed nucleases, including CRISPR-Cas9 and CRISPR-Cpf1, are widely used to realize the precise genome editing. The high-coverage, low-cost and quantifiability make high-throughput sequencing (NGS) to be an effective method to assess the efficiency of custom-designed nucleases. However, contrast to standardized transcriptome protocol, the NGS data lacks a user-friendly pipeline connecting different tools that can automatically calculate mutation, evaluate editing efficiency and realize in a more comprehensive dataset that can be visualized. Here, we have developed an automatic stand-alone toolkit based on python script, namely CRISPRMatch, to process the high-throughput genome-editing data of CRISPR nuclease transformed protoplasts by integrating analysis steps like mapping reads and normalizing reads count, calculating mutation frequency (deletion and insertion), evaluating efficiency and accuracy of genome-editing, and visualizing the results (tables and figures). Both of CRISPR-Cas9 and CRISPR-Cpf1 nucleases are supported by CRISPRMatch toolkit and the integrated code has been released on GitHub (https://github.com/zhangtaolab/CRISPRMatch).
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Zhang F
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通讯作者：
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Zhang Y
DOI：
10.13345/j.cjb.170171
发表时间：
2017-10-25
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--
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Xie, Kabin
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通讯作者：
Voytas, Daniel F.