Control of Lineage-Specific Gene Expression by Functionalized gRNA Barcodes.
Control of Lineage-Specific Gene Expression by Functionalized gRNA Barcodes.
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DOI：
10.1021/acssynbio.8b00105
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发表时间：
2018-10-19
影响因子：
4.7
通讯作者：
Brock A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Al'Khafaji AM;Deatherage D;Brock A
谱系追踪提供了对动态的、概率的细胞过程的基本的定量洞察，例如体细胞肿瘤的进化和分化。高多样性谱系定量的方法依赖于对一组DNA条形码进行测序。然而，使用这种方法不可能操纵特定的个体血统。为了应对这一挑战，我们开发了一个功能化的谱系追踪工具，通过条形码启用的重组转录控制谱系(Colbert)，该工具能够实现高度多样性的谱系追踪和对基因表达的谱系特异性操纵。这个模块化平台利用表达的条形码gRNA来跟踪细胞谱系和直接谱系特异性基因表达。
Lineage tracking delivers essential quantitative insight into dynamic, probabilistic cellular processes, such as somatic tumor evolution and differentiation. Methods for high diversity lineage quantitation rely on sequencing a population of DNA barcodes. However, manipulation of specific individual lineages is not possible with this approach. To address this challenge, we developed a functionalized lineage tracing tool, Control of Lineages by Barcode Enabled Recombinant Transcription (COLBERT), that enables high diversity lineage tracing and lineage-specific manipulation of gene expression. This modular platform utilizes expressed barcode gRNAs to both track cell lineages and direct lineage-specific gene expression.
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影响因子：
48
作者：
Chavez A;Tuttle M;Pruitt BW;Ewen-Campen B;Chari R;Ter-Ovanesyan D;Haque SJ;Cecchi RJ;Kowal EJK;Buchthal J;Housden BE;Perrimon N;Collins JJ;Church G
通讯作者：
Church G
DOI：
10.1073/pnas.1414653112
发表时间：
2015-02-10
影响因子：
11.1
作者：
Archetti, Marco;Ferraro, Daniela A.;Christofori, Gerhard
通讯作者：
Christofori, Gerhard
影响因子：
46.9
作者：
Yu C;Mannan AM;Yvone GM;Ross KN;Zhang YL;Marton MA;Taylor BR;Crenshaw A;Gould JZ;Tamayo P;Weir BA;Tsherniak A;Wong B;Garraway LA;Shamji AF;Palmer MA;Foley MA;Winckler W;Schreiber SL;Kung AL;Golub TR
通讯作者：
Golub TR
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1126/science.aaf7907
发表时间：
2016-07-29
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
McKenna A;Findlay GM;Gagnon JA;Horwitz MS;Schier AF;Shendure J
通讯作者：
Shendure J