Large-scale identification of mirtrons in Arabidopsis and rice.
Large-scale identification of mirtrons in Arabidopsis and rice.
复制标题
拟南芥和水稻中 Mirtron 的大规模鉴定
DOI：
10.1371/journal.pone.0031163
复制
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Shao C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Meng Y;Shao C
最近在动物中发现了一种新的microRNA （miRNA）物种，称为mirtrons，它起源于基因转录物的剪接内含子。然而，仅在水稻（Oryza sativa）中发现了一个假定的镜像，即osa-MIR1429。我们采用基于高通量测序（HTS）数据和结构的方法在拟南芥（Arabidopsis thaliana）和水稻中进行全基因组搜索，寻找候选镜像。在这两种植物中分别发现了5种和18种候选植物。为了研究它们的生物学作用，基于降解组测序数据对这些镜像的靶标进行了预测和验证。结果表明，这些镜像在转录后可以引导目标裂解发挥其调控作用，这需要进一步的实验验证。
A new catalog of microRNA (miRNA) species called mirtrons has been discovered in animals recently, which originate from spliced introns of the gene transcripts. However, only one putative mirtron, osa-MIR1429, has been identified in rice (Oryza sativa). We employed a high-throughput sequencing (HTS) data- and structure-based approach to do a genome-wide search for the mirtron candidate in both Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) and rice. Five and eighteen candidates were discovered in the two plants respectively. To investigate their biological roles, the targets of these mirtrons were predicted and validated based on degradome sequencing data. The result indicates that the mirtrons could guide target cleavages to exert their regulatory roles post-transcriptionally, which needs further experimental validation.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Dai X;Zhao PX
通讯作者：
Zhao PX
影响因子：
10.5
作者：
Babiarz, Joshua E.;Ruby, J. Graham;Blelloch, Robert
通讯作者：
Blelloch, Robert
影响因子：
14.9
作者：
Huala, E;Dickerman, AW;Rhee, SY
通讯作者：
Rhee, SY
CSRDB：用于谷物的小型RNA集成数据库和浏览器资源。
影响因子：
14.9
作者：
Johnson, Cameron;Bowman, Lewis;Adai, Alex T;Vance, Vicki;Sundaresan, Venkatesan
通讯作者：
Sundaresan, Venkatesan
Mirbase：MicroRNA基因组学的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Griffiths-Jones, Sam;Saini, Harpreet Kaur;van Dongen, Stijn;Enright, Anton J.
通讯作者：
Enright, Anton J.