Accessing the reproducibility and specificity of pepsin and other aspartic proteases.
Accessing the reproducibility and specificity of pepsin and other aspartic proteases.
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DOI：
10.1016/j.bbapap.2012.10.003
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发表时间：
2013-06
影响因子：
3.2
通讯作者：
Engen, John R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ahn, Joomi;Cao, Min-Jie;Yu, Ying Qing;Engen, John R.
天冬氨酸蛋白水解酶与其他内切酶相比，其特异性较低。由于天冬氨酸蛋白酶等天冬氨酸蛋白酶在低pH值下具有活性，因此它们被用于氢氢交换质谱仪(HDX MS)实验，以便在氢交换猝灭条件下进行消化。我们对在线和离线胃酶消化的重复性进行了定性和定量的研究，以了解在典型的胃酶消化过程中可以预期的可重复性胃酶片段的互补。从相同蛋白质的30次重复消化中鉴定了可重复多肽的集合，并发现在胃酶消化过程中产生的可重复多肽的数量在5-6次重复消化后变得恒定。我们还研究了黄鳗(Monopterus Albus Zuiew)胃中一种新的天冬氨酸蛋白酶，并比较了猪胃蛋白酶和曲霉胃蛋白酶的消化效率和特异性。在精氨酸、天门冬氨酸和甘氨酸中发现了黄鳗胃酶的独特切割专一性。不同的蛋白酶产生的不同的多肽可以提高蛋白质序列的覆盖率，提高HDX-MS数据的空间分辨率。
The aspartic protease pepsin is less specific than other endoproteinases. Because aspartic proteases like pepsin are active at low pH, they are utilized in hydrogen deuterium exchange mass spectrometry (HDX MS) experiments for digestion under hydrogen exchange quench conditions. We investigated the reproducibility, both qualitatively and quantitatively, of online and offline pepsin digestion to understand the compliment of reproducible pepsin fragments that can be expected during a typical pepsin digestion. The collection of reproducible peptides was identified from >30 replicate digestions of the same protein and it was found that the number of reproducible peptides produced during pepsin digestion becomes constant above 5-6 replicate digestions. We also investigated a new aspartic protease from the stomach of the rice field eel (Monopterus albus Zuiew) and compared digestion efficiency and specificity to porcine pepsin and aspergillopepsin. Unique cleavage specificity was found for rice field eel pepsin at arginine, asparagine, and glycine. Different peptides produced by the various proteases can enhance protein sequence coverage and improve the spatial resolution of HDX MS data.
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影响因子：
5.4
作者：
Brier, Sebastien;Maria, Giovanna;Engen, John R.
通讯作者：
Engen, John R.
影响因子：
2.7
作者：
Nguyen, AD;Nungaray, J;Léonil, J
通讯作者：
Léonil, J
影响因子：
1.8
作者：
Kavan, Daniel;Man, Petr
通讯作者：
Man, Petr
DOI：
10.1074/mcp.m110.001479
发表时间：
2011-02
期刊：
Molecular & cellular proteomics : MCP
影响因子：
--
作者：
López-Ferrer D;Petritis K;Robinson EW;Hixson KK;Tian Z;Lee JH;Lee SW;Tolić N;Weitz KK;Belov ME;Smith RD;Pasa-Tolić L
通讯作者：
Pasa-Tolić L
影响因子：
2.9
作者：
Ehring, H
通讯作者：
Ehring, H