Quantitative proteome profiling of lymph node-positive vs. -negative colorectal carcinomas pinpoints MX1 as a marker for lymph node metastasis.
Quantitative proteome profiling of lymph node-positive vs. -negative colorectal carcinomas pinpoints MX1 as a marker for lymph node metastasis.
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DOI：
10.1002/ijc.28929
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发表时间：
2014-12-15
影响因子：
6.4
通讯作者：
Metodiev, Metodi V.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Croner, Roland S.;Stuerzl, Michael;Rau, Tilman T.;Metodieva, Gergana;Geppert, Carol I.;Naschberger, Elisabeth;Lausen, Berthold;Metodiev, Metodi V.
我们使用高分辨率质谱法测量了19个单独解剖的结直肠肿瘤中超过9，000种蛋白质的丰度，这些肿瘤代表淋巴结转移性（n=10）和非转移性（n=9）表型。统计学分析确定MX 1和其他几种蛋白质在淋巴结阳性肿瘤中过表达。在验证队列中，MX 1、IGF 1-R和IRF 2BP 1在IHC验证中显示出显著不同的表达（侵袭前沿，IGF 1-R的Wilcoxon检验p=0.007，IRF 2BP 1的p=0.04，MX 1的p=0.02）。在细胞培养和伤口愈合试验中通过siRNA敲除MX 1为该蛋白参与肿瘤侵袭提供了额外的证据。据我们所知，已鉴定和定量的蛋白质的集合是目前可用的最大的肿瘤蛋白质组数据集。所鉴定的蛋白质可以提供CRC淋巴转移机制的见解，并可能在进一步的前瞻性验证后作为预后标志物和治疗靶点。
We used high-resolution mass spectrometry to measure the abundance of more than 9,000 proteins in 19 individually dissected colorectal tumors representing lymph node metastatic (n=10) and non-metastatic (n=9) phenotypes. Statistical analysis identified MX1 and several other proteins as overexpressed in lymph node positive tumors. MX1, IGF1-R and IRF2BP1 showed significantly different expression in IHC validation (Wilcoxon test p=0.007 for IGF1-R, p=0.04 for IRF2BP1, and p=0.02 for MX1 at the invasion front) in the validation cohort. Knockout of MX1 by siRNA in cell cultures and wound healing assays provided additional evidence for the involvement of this protein in tumor invasion. The collection of identified and quantified proteins to our knowledge is the largest tumor proteome dataset available at the present. The identified proteins can give insights in the mechanisms of lymphatic metastasis in CRC and may act as prognostic markers and therapeutic targets after further prospective validation.
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影响因子：
4.8
作者：
Kirkpatrick, DS;Gerber, SA;Gygi, SP
通讯作者：
Gygi, SP
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
DOI：
10.1073/pnas.091062498
发表时间：
2001-04-24
影响因子：
11.1
作者：
Tusher, VG;Tibshirani, R;Chu, G
通讯作者：
Chu, G
大规模预测问题的经验贝叶斯估计。
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作者：
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作者：
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Mann, M