HiCAR is a robust and sensitive method to analyze open-chromatin-associated genome organization.
HiCAR is a robust and sensitive method to analyze open-chromatin-associated genome organization.
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HiCAR是分析开放染色质相关基因组组织的稳健且灵敏的方法。
DOI：
10.1016/j.molcel.2022.01.023
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发表时间：
2022-03-17
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Diao Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei X;Xiang Y;Peters DT;Marius C;Sun T;Shan R;Ou J;Lin X;Yue F;Li W;Southerland KW;Diao Y
顺式调控元件(Cres)的长程相互作用在基因调控中起着核心作用。Cres可以被描述为可访问的染色质序列。然而，全面确定它们的空间相互作用在技术上仍然具有挑战性。在这里，我们报告了一种新的方法HiCAR(Hi-C on Access Regulatory DNA)，它利用TN5转座酶和染色质邻近连接，来分析染色质锚定的开放与低输入细胞的相互作用。通过将HiCAR应用于人类胚胎干细胞和淋巴母细胞，我们证明了HiCAR在所有距离范围内识别高分辨率染色质接触的效率与原位Hi-C相当。有趣的是，我们发现“稳定的”基因启动子通过启动子-启动子之间的相互作用表现出沉默因子样的功能来抑制远端基因的表达。最后，我们将HiCAR应用于30,000个原代人类肌肉干细胞，并证明了HiCAR能够使用低输入的原代细胞和临床样本来分析染色质的可及性和环路。HiCAR利用TN5转座酶和染色质邻近连接来捕捉与低输入细胞的染色质锚定的开放相互作用。需要10%的Hi-C测序深度才能调用高分辨率染色质相互作用。有趣的是，我们发现“稳定的”基因启动子通过启动子-启动子之间的相互作用表现出沉默因子样的功能来抑制远端基因的表达。
The long-range interactions of cis-regulatory elements (cREs) play a central role in gene regulation. cREs can be characterized as accessible chromatin sequences. However, it remains technically challenging to comprehensively identify their spatial interactions. Here, we report a new method HiCAR (Hi-C on Accessible Regulatory DNA), which utilizes Tn5 transposase and chromatin proximity ligation, for the analysis of open chromatin anchored interactions with low-input cells. By applying HiCAR in human embryonic stem cells and lymphoblastoid cells, we demonstrate that HiCAR identifies high-resolution chromatin contacts with an efficiency comparable to that of in situ Hi-C over all distances range. Interestingly, we found that the “poised” gene promoters exhibit silencer-like function to repress the expression of distal genes via promoter-promoter interactions. Lastly, we applied HiCAR to 30,000 primary human muscle stem cells, and demonstrated that HiCAR is capable of analyzing chromatin accessibility and looping using low-input primary cells and clinical samples. HiCAR utilizes Tn5 transposase and chromatin proximity ligation to capture open chromatin anchored interactions with low-input cells. It requires <10% sequencing depth of Hi-C to call high-resolution chromatin interactions. Interestingly, we found that the “poised” gene promoters exhibit silencer-like function to repress the expression of distal genes via promoter-promoter interactions.
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影响因子：
7.7
作者：
Freire-Pritchett P;Schoenfelder S;Várnai C;Wingett SW;Cairns J;Collier AJ;García-Vílchez R;Furlan-Magaril M;Osborne CS;Fraser P;Rugg-Gunn PJ;Spivakov M
通讯作者：
Spivakov M
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作者：
Diao Y;Fang R;Li B;Meng Z;Yu J;Qiu Y;Lin KC;Huang H;Liu T;Marina RJ;Jung I;Shen Y;Guan KL;Ren B
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Ren B
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7
作者：
Dryden NH;Broome LR;Dudbridge F;Johnson N;Orr N;Schoenfelder S;Nagano T;Andrews S;Wingett S;Kozarewa I;Assiotis I;Fenwick K;Maguire SL;Campbell J;Natrajan R;Lambros M;Perrakis E;Ashworth A;Fraser P;Fletcher O
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作者：
Durand NC;Shamim MS;Machol I;Rao SS;Huntley MH;Lander ES;Aiden EL
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