Complete genome sequence and molecular phylogeny of a newfound hantavirus harbored by the Doucet's musk shrew (Crocidura douceti) in Guinea.
Complete genome sequence and molecular phylogeny of a newfound hantavirus harbored by the Doucet's musk shrew (Crocidura douceti) in Guinea.
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DOI：
10.1016/j.meegid.2013.08.016
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发表时间：
2013-12
影响因子：
3.2
通讯作者：
Yanagihara, Richard
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gu, Se Hun;Nicolas, Violaine;Lalis, Aude;Sathirapongsasuti, Nuankanya;Yanagihara, Richard
由于缺乏全长病毒基因组，撒哈拉以南非洲地区由树鼠传播的汉坦病毒的分子系统学的阐明受到了阻碍。在这份报告中，我们对一种新发现的汉坦病毒进行了完整的基因组分析，命名为Bowé病毒，该病毒是在2012年2月在几内亚西南部捕获的一只杜塞麝鼠的肋间肌肉中检测到的。比较S、M和L基因片段的全长氨基酸序列，弓状病毒与其他代表性的啮齿动物传播的汉坦病毒、地鼠传播的汉坦病毒和鼹鼠传播的汉坦病毒的差异分别为24.1-53.4%、17.0-59.9%和14.6-39.7%。用最大似然法和贝叶斯方法在Gtr+I+Γ进化模式下进行的系统发育分析表明，弓状病毒与在几内亚文冠鼠体内发现的汉坦病毒坦噶尼亚病毒有共同的祖先。需要对更多来自撒哈拉以南非洲的汉坦病毒进行全基因组分析，以更好地阐明非洲地鼠的辐射可能对汉坦病毒的系统地理有何贡献。
Elucidation of the molecular phylogeny of shrew-borne hantaviruses in sub-Saharan Africa has been hampered by the lack of full-length viral genomes. In this report, we present the complete genome analysis of a newfound hantavirus, designated Bowé virus, detected in ethanol-fixed intercostal muscle of a Doucet’s musk shrew (Crocidura douceti), captured in southwestern Guinea in February 2012. Full-length amino acid sequence comparison of the S-, M- and L-segment gene products revealed that Bowé virus differed by 24.1–53.4%, 17.0–59.9% and 14.6–39.7%, respectively, from all other representative rodent-, shrew- and mole-borne hantaviruses. Phylogenetic analysis, using maximum-likelihood and Bayesian methods, under the GTR+I+Γ model of evolution, showed that Bowé virus shared a common ancestry with Tanganya virus, a hantavirus detected in the Therese’s shrew (Crocidura theresae) in Guinea. Whole genome analysis of many more hantaviruses from sub-Saharan Africa are needed to better clarify how the radiation of African shrews might have contributed to the phylogeography of hantaviruses.
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蝙蝠、食虫动物和啮齿动物携带的汉坦病毒的系统发育和起源
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作者：
Guo WP;Lin XD;Wang W;Tian JH;Cong ML;Zhang HL;Wang MR;Zhou RH;Wang JB;Li MH;Xu J;Holmes EC;Zhang YZ
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Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
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Combet, C;Blanchet, C;Deléage, G
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