Structural insights of the conserved "priming loop" of hepatitis B virus pre-genomic RNA.
Structural insights of the conserved "priming loop" of hepatitis B virus pre-genomic RNA.
复制标题
DOI：
10.1080/07391102.2021.1934544
复制
发表时间：
2022
影响因子：
4.4
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
在乙肝病毒中，蛋白质启动(−)链的合成需要病毒聚合酶与位于其前基因组核糖核酸(PgRNA)5‘端的顺式调节信号相互作用。聚合酶与pgRNA的结合也是包裹pgRNA所必需的。虽然这种相互作用的机制基础仍然难以捉摸，但突变研究表明，其内部的6-NT“启动环”提供了重要的结构贡献。因此，可能被认为是小分子干预的一个有希望的靶点，以补充目前基于核苷类似物的抗乙肝治疗。任何以RNA为导向的小分子策略的理想前提是对这一重要元素的详细结构描述。在这里，我们提出了一个HBV的溶液核磁共振结构，结合分子动力学和对接模拟，报告了一个灵活的配体“口袋”，使人想起在蛋白质中观察到的那些。我们还证明了选择性雌激素受体调节剂(SERM)雷洛昔芬、巴多昔芬和从头衍生物与启动环的结合。
Initiation of protein-primed (−) strand DNA synthesis in hepatitis B virus (HBV) requires interaction of the viral polymerase with a cis-acting regulatory signal, designated epsilon (), located at the 5′-end of its pre-genomic RNA (pgRNA). Binding of polymerase to is also necessary for pgRNA encapsidation. While the mechanistic basis of this interaction remains elusive, mutagenesis studies suggest its internal 6-nt “priming loop” provides an important structural contribution. might therefore be considered a promising target for small molecule interventions to complement current nucleoside-analog based anti-HBV therapies. An ideal prerequisite to any RNA-directed small molecule strategy would be a detailed structural description of this important element. Herein, we present a solution NMR structure for HBVwhich, in combination with molecular dynamics and docking simulations, reports on a flexible ligand “pocket”, reminiscent of those observed in proteins. We also demonstrate the binding of the selective estrogen receptor modulators (SERMs) Raloxifene, Bazedoxifene, and a de novo derivative to the priming loop.
登录
查看更多内容
影响因子：
4
作者：
Connelly CM;Boer RE;Moon MH;Gareiss P;Schneekloth JS Jr
通讯作者：
Schneekloth JS Jr
影响因子：
2.7
作者：
Bahrami, Arash;Clos, Lawrence J., II;Eghbalnia, Hamid R.
通讯作者：
Eghbalnia, Hamid R.
影响因子：
13.2
作者：
Jones, Scott A.;Hu, Jianming
通讯作者：
Hu, Jianming
影响因子：
16.6
作者：
Calabrese DR;Chen X;Leon EC;Gaikwad SM;Phyo Z;Hewitt WM;Alden S;Hilimire TA;He F;Michalowski AM;Simmons JK;Saunders LB;Zhang S;Connors D;Walters KJ;Mock BA;Schneekloth JS Jr
通讯作者：
Schneekloth JS Jr
DOI：
10.1107/s0907444909042073
发表时间：
2010-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Chen VB;Arendall WB 3rd;Headd JJ;Keedy DA;Immormino RM;Kapral GJ;Murray LW;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC