Interference-free proteome quantification with MS/MS-based isobaric isotopologue detection.
Interference-free proteome quantification with MS/MS-based isobaric isotopologue detection.
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DOI：
10.1021/pr401035z
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发表时间：
2014-03-07
影响因子：
4.4
通讯作者：
Yates, John R., III
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bamberger, Casimir;Pankow, Sandra;Park, Sung Kyu Robin;Yates, John R., III
在鸟枪法蛋白质组学之前对肽进行化学标记可以对生物样品中的蛋白质进行相对定量，而与样品来源无关。当前的策略利用分裂成报告离子的同量异位标记。然而，由于在同一前体分离窗口中共同选择的污染肽，报告离子的定量会导致比率测量失真。在这里，我们证明串联质谱中同量异序肽片段同位素体的定量减少了前体干扰。该方法基于高能碰撞解离 (HCD) 后串联质谱中二甲基化肽片段的同量同位素异位体的相对定量。该方法能够对蛋白质组进行精确定量，直至每个蛋白质的单个光谱，并在 MudPIT 实验中定量 > 90% 的蛋白质，并准确测量囊性纤维化模型细胞系中的蛋白质。
Chemical labeling of peptides prior to shotgun proteomics allows relative quantification of proteins in biological samples independent of sample origin. Current strategies utilize isobaric labels that fragment into reporter ions. However, quantification of reporter ions results in distorted ratio measurements due to contaminating peptides that are co-selected in the same precursor isolation window. Here, we show that quantitation of isobaric peptide fragment isotopologues in tandem mass spectra reduces precursor interference. The method is based on the relative quantitation of isobaric isotopologues of dimethylated peptide fragments in tandem mass spectra following higher energy collisional dissociation (HCD). The approach enables precise quantification of a proteome down to single spectra per protein and quantifies >90% of proteins in a MudPIT experiment and accurately measures proteins in a model cell line for cystic fibrosis.
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影响因子：
46.9
作者：
Washburn, MP;Wolters, D;Yates, JR
通讯作者：
Yates, JR
影响因子：
7.4
作者：
Koehler, Christian J.;Arntzen, Magnus O.;Thiede, Bernd
通讯作者：
Thiede, Bernd
DOI：
10.1016/j.jasms.2009.07.014
发表时间：
2009-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Erve, John C. L.;Gu, Ming;Talaat, Rasmy E.
通讯作者：
Talaat, Rasmy E.
影响因子：
3.5
作者：
MOORE, G;CRICHTON, RR
通讯作者：
CRICHTON, RR
影响因子：
7.4
作者：
Wuehr, Martin;Haas, Wilhelm;McAlister, Graeme C.;Peshkin, Leonid;Rad, Ramin;Kirschner, Marc W.;Gygi, Steven P.
通讯作者：
Gygi, Steven P.