Comparative analysis of targeted long read sequencing approaches for characterization of a plant's immune receptor repertoire.
Comparative analysis of targeted long read sequencing approaches for characterization of a plant's immune receptor repertoire.
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DOI：
10.1186/s12864-017-3936-7
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发表时间：
2017-07-26
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Clark MD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Giolai M;Paajanen P;Verweij W;Witek K;Jones JDG;Clark MD
Oxford Nanopore Technologies MinION™ 测序仪是一种小型、便携式、低成本设备，适合各种规模的实验室使用，并且对现场测序实验很有吸引力。作物的选择性育种导致遗传多样性减少，野生近缘种是新的病原体遗传抗性的关键来源，通常通过 NLR 免疫受体编码基因实现。最近的研究证明了如何针对作物 NLR 库在 Illumina 或 PacBio (RenSeq) 上进行测序，并识别出传递病原体抗性的特定基因。每次 MinION 运行的序列产量低于 Illumina，这使得靶向重测序成为一种有效的方法。虽然 MinION 生成与 PacBio 类似的长读段，但它无法生成高度准确的多通道一致读段，这给下游生物信息学带来了挑战。在这里，我们演示了如何使用 MinION 数据进行 RenSeq 实现与 PacBio 类似的结果，以及如何通过 Nanopore RenSeq 管道识别新型 NLR 基因融合。所述文库制备和生物信息学方法应适用于其他基因家族或任何靶向长DNA片段纳米孔测序项目。本文的在线版本 (doi:10.1186/s12864-017-3936-7) 包含补充材料，可供授权用户使用。
The Oxford Nanopore Technologies MinION™ sequencer is a small, portable, low cost device that is accessible to labs of all sizes and attractive for in-the-field sequencing experiments. Selective breeding of crops has led to a reduction in genetic diversity, and wild relatives are a key source of new genetic resistance to pathogens, usually via NLR immune receptor-encoding genes. Recent studies have demonstrated how crop NLR repertoires can be targeted for sequencing on Illumina or PacBio (RenSeq) and the specific gene conveying pathogen resistance identified. Sequence yields per MinION run are lower than Illumina, making targeted resequencing an efficient approach. While MinION generates long reads similar to PacBio it doesn’t generate the highly accurate multipass consensus reads, which presents downstream bioinformatics challenges. Here we demonstrate how MinION data can be used for RenSeq achieving similar results to the PacBio and how novel NLR gene fusions can be identified via a Nanopore RenSeq pipeline. The described library preparation and bioinformatics methods should be applicable to other gene families or any targeted long DNA fragment nanopore sequencing project. The online version of this article (doi:10.1186/s12864-017-3936-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1111/tpj.12307
发表时间：
2013-11
期刊：
The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子：
--
作者：
Jupe F;Witek K;Verweij W;Sliwka J;Pritchard L;Etherington GJ;Maclean D;Cock PJ;Leggett RM;Bryan GJ;Cardle L;Hein I;Jones JD
通讯作者：
Jones JD
DOI：
10.1126/science.1236011
发表时间：
2013-08-16
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Dangl JL;Horvath DM;Staskawicz BJ
通讯作者：
Staskawicz BJ
影响因子：
4.6
作者：
Deschamps, Stephane;Mudge, Joann;May, Gregory
通讯作者：
May, Gregory
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts199
发表时间：
2012-06-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kearse M;Moir R;Wilson A;Stones-Havas S;Cheung M;Sturrock S;Buxton S;Cooper A;Markowitz S;Duran C;Thierer T;Ashton B;Meintjes P;Drummond A
通讯作者：
Drummond A
影响因子：
14.9
作者：
Karamitros, Timokratis;Magiorkinis, Gkikas
通讯作者：
Magiorkinis, Gkikas