Crystallization and preliminary X-ray analysis of the type IV restriction endonuclease ScoMcrA from Streptomyces coelicolor, which cleaves both Dcm-methylated DNA and phosphorothioated DNA.
Crystallization and preliminary X-ray analysis of the type IV restriction endonuclease ScoMcrA from Streptomyces coelicolor, which cleaves both Dcm-methylated DNA and phosphorothioated DNA.
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天蓝色链霉菌 IV 型限制性内切核酸酶 ScoMcrA 的结晶和初步 X 射线分析，该酶可切割 Dcm 甲基化 DNA 和硫代磷酸化 DNA。
DOI：
10.1107/s2053230x14025801
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Xinyi He
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gong Zhao;Zixin Deng;Geng Wu;Xinyi He
ScoMcrA是在模式菌株天蓝色链霉菌中发现的IV型修饰依赖性限制性内切酶。与切割未修饰的DNA的I、II和III型限制性内切核酸酶不同，IV型限制性内切核酸酶切割修饰的DNA，包括甲基化、羟甲基化、葡糖基-羟甲基化和硫代磷酸化的DNA。ScoMcrA靶向Dcm-甲基化DNA和硫代磷酸化DNA，并使双链断裂距离修饰的核苷酸或硫代磷酸连接16-28 nt。 然而，ScoMcrA识别这两种完全不同类型的修饰的机制仍不清楚。在这项研究中，ScoMcrA蛋白过表达，纯化和结晶。晶体衍射分辨率为3.35 μ m，属于空间群P2（1）2（1）2（1）。 晶胞参数为a=130.19，B=139.36，c=281.01 °，α=β=γ=90°。 这些结果将有助于对ScoMcrA进行详细的结构分析，并进一步阐明其生化机制。
ScoMcrA is a type IV modification-dependent restriction endonuclease found in the model strain Streptomyces coelicolor. Unlike type I, II and III restriction endonucleases, which cleave unmodified DNA, type IV restriction endonucleases cleave modified DNA, including methylated, hydroxymethylated, glucosyl-hydroxymethylated and phosphorothioated DNA. ScoMcrA targets both Dcm-methylated DNA and phosphorothioated DNA, and makes double-strand breaks 16-28 nt away from the modified nucleotides or the phosphorothioate links. However, the mechanism by which ScoMcrA recognizes these two entirely different types of modification remains unclear. In this study, the ScoMcrA protein was overexpressed, purified and crystallized. The crystals diffracted to 3.35 Å resolution and belonged to space group P2(1)2(1)2(1). The unit-cell parameters were determined to be a=130.19, b=139.36, c=281.01 Å, α=β=γ=90°. These results will facilitate the detailed structural analysis of ScoMcrA and further elucidation of its biochemical mechanism.
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