DNA nanomapping using CRISPR-Cas9 as a programmable nanoparticle.
DNA nanomapping using CRISPR-Cas9 as a programmable nanoparticle.
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DOI：
10.1038/s41467-017-01891-9
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发表时间：
2017-11-21
影响因子：
16.6
通讯作者：
Reed J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mikheikin A;Olsen A;Leslie K;Russell-Pavier F;Yacoot A;Picco L;Payton O;Toor A;Chesney A;Gimzewski JK;Mishra B;Reed J
使用短读段的全基因组测序的进展（例如，<150 bp），下一代测序技术重新激发了人们对高分辨率物理作图的兴趣，以填补测序无法很好解决的技术空白。在这里，我们报告了DNA纳米技术和单分子基因组学的两项技术进展：（1）我们描述了一种标记技术（CRISPR-Cas9纳米颗粒），用于基于高速AFM的DNA物理映射;（2）首次成功演示了使用DVD光学器件通过高速AFM对DNA分子进行成像。作为原理的证明，我们使用这种新的“纳米绘图”方法来精确检测和绘制滤泡性淋巴瘤患者淋巴结活检中存在的BCL 2-IGH易位。这种HS-AFM“纳米绘图”技术可以与测序和其他物理绘图方法互补。DNA的物理作图可用于检测结构变体和用于全基因组单倍型组装。在这里，作者使用CRISPR-Cas9和高速原子力显微镜来“纳米映射”DNA的单个分子。
Progress in whole-genome sequencing using short-read (e.g., <150 bp), next-generation sequencing technologies has reinvigorated interest in high-resolution physical mapping to fill technical gaps that are not well addressed by sequencing. Here, we report two technical advances in DNA nanotechnology and single-molecule genomics: (1) we describe a labeling technique (CRISPR-Cas9 nanoparticles) for high-speed AFM-based physical mapping of DNA and (2) the first successful demonstration of using DVD optics to image DNA molecules with high-speed AFM. As a proof of principle, we used this new “nanomapping” method to detect and map precisely BCL2–IGH translocations present in lymph node biopsies of follicular lymphoma patents. This HS-AFM “nanomapping” technique can be complementary to both sequencing and other physical mapping approaches. Physical mapping of DNA can be used to detect structural variants and for whole-genome haplotype assembly. Here, the authors use CRISPR-Cas9 and high-speed atomic force microscopy to ‘nanomap’ single molecules of DNA.
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DOI：
10.1073/pnas.140063197
发表时间：
2000-07-05
影响因子：
11.1
作者：
Kaufman, BA;Newman, SM;Butow, RA
通讯作者：
Butow, RA
影响因子：
3.7
作者：
Kroenlein, Hannes;Schwartz, Stefan;Burmeister, Thomas
通讯作者：
Burmeister, Thomas
DOI：
10.1073/pnas.95.14.8046
发表时间：
1998-07-07
影响因子：
11.1
作者：
Jing, JP;Reed, J;Schwartz, DC
通讯作者：
Schwartz, DC
多色超分辨率DNA成像用于遗传分析。
影响因子：
10.8
作者：
Baday M;Cravens A;Hastie A;Kim H;Kudeki DE;Kwok PY;Xiao M;Selvin PR
通讯作者：
Selvin PR
影响因子：
6.2
作者：
Judkins, Thaddeus;Rosenthal, Eric;Arnell, Christopher;Burbidge, Lynn Anne;Geary, Wade;Barrus, Toby;Schoenberger, Jeremy;Trost, Jeffrey;Wenstrup, Richard J.;Roa, Benjamin B.
通讯作者：
Roa, Benjamin B.