Heterogeneous path ensembles for conformational transitions in semi-atomistic models of adenylate kinase.
Heterogeneous path ensembles for conformational transitions in semi-atomistic models of adenylate kinase.
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DOI：
10.1021/ct100406t
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发表时间：
2010-10-09
影响因子：
5.5
通讯作者：
Zuckerman, Daniel M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bhatt, Divesh;Zuckerman, Daniel M.
我们使用几个半原子蛋白质模型对腺苷酸激酶进行了“加权集成”路径抽样模拟。这些模型具有全原子骨架，具有不同级别的残基相互作用。初步结果是，使用这些模型，完全统计严格的路径采样只需要几周的单处理器计算时间，这表明添加进一步的化学细节应该很容易实现。我们的半原子路径集合与以前的生物物理发现是一致的：存在两条不同的路径，识别中间产物，以及正向和反向路径的对称性。
We performed “weighted ensemble” path–sampling simulations of adenylate kinase, using several semi–atomistic protein models. The models have an all–atom backbone with various levels of residue interactions. The primary result is that full statistically rigorous path sampling required only a few weeks of single–processor computing time with these models, indicating the addition of further chemical detail should be readily feasible. Our semi–atomistic path ensembles are consistent with previous biophysical findings: the presence of two distinct pathways, identification of intermediates, and symmetry of forward and reverse pathways.
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